官屯守御，军士多病瘴，阿里衮卒于军，复授阿桂副将军。傅恆亦病，上命班师，而缅酋懵驳亦惩甘立寨之败，遣使议受约束，乃召傅恆还。命阿桂留办善后，授礼尚书。

三十九年正月朔，阿桂抵布朗郭宗，人裹十日粮，分三队，转战以前，克喇穆左右二山，赞拉克山、依谷山。二月，克罗博瓦山，勒乌围门也。贼退守喇穆山。将海兰察从间破漰普寨，绕山后，贼退守萨甲山岭。海兰察夺其峭大碉，诸寨夺气，同时下，乘胜临逊克尔宗。僧格桑死于金川，金川酋献其尸，而死守逊克尔宗。十月，阿桂用策先克默格尔山及凯立叶，于是日尔当噶诸碉反在我师后，遂悉平之。贼退守康萨尔山。时丰升额北路，师至凯立叶，望见烟火，以师来会；而明亮南路，阻于庚额山；阿桂令移军，冒雨破宜喜，与明亮军隔河相望。十一月，克格鲁克古丫，金川东北之贼殆尽。

三十五年，兼镶红旗汉军都统。命赴腾越待缅人贡。遣都司苏尔相赉檄至老官屯，缅人拘之，索还木等三土司。疏，上命罢尚书、都统，以内大臣留办副将军事。三十六年，疏请大举征缅，觐陈机密。上手诏诘责，命夺官留军效力。是时金川酋郎卡已死，其索诺木及小金川酋泽旺僧格桑扰边，四川总督阿尔泰征之无功，上命阿桂随副将军、尚书温福讨。十二月，署四川提督，克朗拉、达木宗各寨。三十七年二月，克资哩山，克阿喀木雅。松潘总兵宋元俊亦复革布什咱。两金川势日蹙，合谋抗我师。上命温福等三路讨，阿桂西路阿喀木雅攻喇卜楚克，克之，夺普尔玛寨，卡。泽旺为谢罪，索诺木亦代僧格桑请还侵地，上不许。时侍郎桂林代阿尔泰为总督，并领其众，至墨陇沟，失利，副将薛琮死之，阿尔泰劾罢桂林。上授阿桂参赞大臣，命赴南路接剿。僧格宗者，小金川门也。甲尔木山梁为僧格宗要径。阿桂乘贼怠，潜赴墨陇沟，夜半大雾，袭据之，僧格宗，突毁其碉，歼贼无算。上授温福定边将军，丰升额、阿桂俱授副将军，分取诺。阿桂克都喇嘛寺，俯瞰诺。僧格桑遁布朗郭宗，而温福亦克西路来会，剿布朗郭宗。僧格桑送孥金川而遁底木达，求见父泽旺，泽旺不纳，渡河走金川。泽旺降，械送京师，小金川平。于是议讨金川，金川贼巢二：曰噶拉依，曰勒乌围。温福由功噶尔拉，阿桂由当噶尔拉，合攻噶拉依；丰升额由绰斯甲布径攻勒乌围。复授礼尚书。

四十年正月，克康萨尔山梁。二月，克沿河斯莫思达寨。四月，克木思工噶克丫。五月，克下木通及勒吉尔博山梁，据得式梯，复克噶尔丹寺、噶明噶等寨。攻占，屡攻不下。分兵从舍图枉卡绕击，牵贼势。七月，克昆尔及果克多山，克拉栝寺、菑则大海山梁，旋克章噶。八月，克隆斯得寨，遂克勒乌围。捷闻，上遣阿桂阿必达赍红宝石赐之。九月，克当噶克底诸寨。十月，克达木噶。十一月，克西里山雅玛朋寨。十二月，克萨尔歪诸寨，据噶占。四十一年正月，克玛尔古当噶碉寨五百馀，遂围噶拉依。索诺木母先赴河西集馀众，大兵合围，与其绝，遂降。阿桂令作书招索诺木，而其目降者相继，索诺木乃率众降。金川平，安置降番，设副将、同知分驻其地。诏封一等诚谋英勇公，协办大学士、吏尚书、军机行走。四月，班

三十八年正月朔，冒大雪，夺当功噶尔拉诸碉，而温福至木果木，索诺木诱降番叛袭军后，断登粮，我师溃，温福死之。小金川与诺等相继陷。阿桂悉收降番械，毁碉寨，分置其人章谷、打箭炉，斩其桀骜者，亲殿军退驻达河。事闻，上怒甚，命发健锐、火两营，黑龙江、吉林、伊犁额鲁特兵五千，授阿桂定西将军，明亮、丰升额副将军，舒常参赞大臣，整师再。十月，攻下资哩。用番人木塔尔策，分师由中、南两路，潜军登北山巅，遂取诺，明亮等亦克僧格宗来会，凡七日，小金川平。