二年，豫亲王多铎师下江南。闰六月，命承畴以原官总督军务，招抚江南各省，铸“招抚南方总督军务大学士”印，赐敕便宜行事。是时明唐王聿键称号福建，其大学士黄周率师广信、衢州向徽州，左佥都御史金声家休宁，募乡兵十馀万屯绩溪；诸宗姓安王常淇保徽州，蕲王术肸常阘自号樊山王屯潜山、太湖间，由揾号金华王据饶州，谊石号乐安王、谊泐号瑞安王分屯溧、金坛、兴化诸县；荆本彻以舟师驻太湖，败，复崇明：皆为明守。承畴至官，招抚江南宁国、徽州，江西南昌、南康、九江、瑞州、抚州、饶州、临江、吉安、广信、建昌、袁州诸府。十月，遣提督张天禄，总兵卜从善、李仲兴、刘泽泳等攻破绩溪。十二月，破周于婺源，声、周见获，皆不屈，送江宁杀之；总兵李成栋破崇明，本彻走海，杀其将李守库、徐君。三年二月，遣总兵得功、卜从善等击破司空寨，斩守寨石应琏、应璧等五人，获常阘。

既，谊石、谊泐合兵二万犯江宁。承畴先事诛内应西沟池万德华、郭世彦、尤琚等八十馀人。谊石等攻神策门，我分兵朝、太平二门，截谊石等后，乃启神策门城兵奋击，破之，追及摄山，斩馘无算。承畴疏请还京，以江南未大定，不允，赐其妻白金百、貂二百。八月，征南大将军贝勒博洛克金华，获谊石。九月，谊泐复犯江宁，承畴御，追获谊泐及所置经略韦尔韬、总兵杨三贯、夏章。十二月，天禄搜婺源严杭山，获常淇及所置监军江于东、职方司许文玠等。四年二月，从善及总兵黄鼎攻宿松，获谊泐弟瑞昌王谊贵及所置军师赵正；下饶州，获由揾及其族人常洊、常沘、常涫：并请命斩之。江南众郡县以次定。

顺治元年四月，睿亲王多尔衮帅师伐明，承畴从。既定京师，命承畴仍以太太保、兵尚书兼右副都御史，同内院官佐理机务。旋与同官冯铨启睿亲王，复明内阁故事，题奏皆下内阁拟旨，分下六科，钞发各院。九月，上至京师，与铨及谢升奏定郊庙乐章。

八年闰二月，命都察院左都御史。寻甄别诸御史为六等，魏琯等二十二人差用，陈昌言等二人内升，张煊等十一人外转，王世功等十七人外调，降黜有差。煊疏劾吏尚书陈名夏，因及承畴尝与名夏及尚书陈之遴集火神庙，屏左右密议逃叛；承畴又尝私送其母归里。疏，上方狩外，巽亲王满达海居守，集诸王大臣会鞫。承畴言：“火神庙集议，即议甄别诸御史定等差，非有他也。”并以送母未请旨引罪。名夏亦列辨，因坐煊诬奏，论死。未几，上雪煊冤，黜名夏。因谕：“承畴火神庙集议，事虽可疑，难以悬拟；送母归原籍未奏闻，为亲甘罪，情尚可原。留任责后效。”九年五月，承畴闻母丧，命直如故，私居持服，赐其母祭葬。九月，达赖喇嘛来朝，上将幸代噶，待喇嘛至觐。承畴及大学士陈之遴疏谏，上为罢行，并遣内大臣索尼传谕曰：“卿等以贤能赞密勿，有所见闻，当以时告。朕生长，无自悉民隐。凡有所奏，可行即行；纵不可行，朕亦不尔责也。”

十月正月，调内翰林弘文院大学士。明桂王由榔称号肇庆，频年转战，兵？朁地蹙，至是居安隆所，云南、贵州二省尚为明守。诸将李定国、孙可望等四侵略，南攻湖南南境诸州县，东陷桂林，西据成都，兵连不得息。五月，上授承畴太保兼太太师、内翰林国史院大学士、兵尚书兼都察院右副都御史，经略湖广、广东、广西、云南、贵州等地方，总督军务兼理粮饷。敕谕抚镇以下咸听节制，攻守便宜行事。满兵当留

承畴闻父丧，请解任守制，上许承畴请急归，命治丧毕内院治事。五年四月，还京师。六年，加少傅兼太太傅，疏请定会推督、抚、提、镇行保举连坐法。得旨：“自后用督、抚、提、镇，内院九卿咸举所知。得人者赏，误举者连坐。”

等谕曰：“朕方有元妃之丧，未躬赐宴。尔等勿以为意！”承畴等复叩首谢。庄烈帝初闻承畴死，予祭十六坛，建祠都城外，与邱民仰并列。庄烈帝将亲临奠，俄闻承畴降，乃止。承畴既降，隶镶黄旗汉军，太宗遇之厚。然终太宗世，未尝命以官。

粤僧函可者，为故明尚书韩日缵，日缵于承畴为师生。函可将还里，乞承畴畀以印牌护行城，守者讥察笥中，得文字忌讳。山、张大猷以闻，承畴疏引咎，议当夺职，上命贳之。

明鲁王以海转徙浙、闽海中，号监国，明诸遗臣犹密与相闻。是年四月，明给事中陈龙家华亭，受鲁王官，谋集太湖溃兵举事。承畴遣章京索布图往捕，龙投死。是月，柘林游击陈可获谍者谢尧文，得鲁王敕封承畴国公，江宁巡抚土国宝为侯；又得鲁王将黄斌卿与承畴、国宝书；镇守江宁昂章京山、张大猷以闻。上奖山等严察萌，命与承畴会鞫谍者，别敕谕承畴。