告东昌大捷。恢复齐泰、黄子澄官职。三月二十二日,盛庸败燕军于夹河,斩其大将谭渊。再战失利,都指挥庄得、楚智等奋力战死。二十三日,又战,全军溃败,盛庸败走德州。二十八日,都督何福增援德州。三月四日,贬齐泰、黄子澄,告谕燕王收兵。十日,吴杰、平安与燕军战于藁城,溃败,只好退保真定。燕兵攻掠真定、顺德、广平、大名。朱棣上书请求召回诸将罢兵,派大理少卿薛岩前往朝廷报告。这一月,《礼制》修成,颁行全国。
夏五月二十六日,盛庸用兵扼守燕军粮饷道路,不克。朱棣又遣使上书,来使被下狱。六月十五日,燕将李远侵犯沛县,焚烧粮船。二十五日,都督袁宇攻击李远,失败。
秋七月二日,燕军夺取彰德。十日,平安从真定进攻北平。十五日,大同守将房昭率兵由紫金关奔向保定,驻易州西水寨。九月十八日,平安与燕将刘江战于北平,溃败,平安只好回保真定。
冬十月二日,真定诸将遣兵增援房昭,与燕王战于齐眉山,失败。十一月八日,辽东总兵官杨文进攻永平,与刘江战于昌黎,溃败。十五日,平安败燕军李彬于杨村。十二月九日,燕兵焚烧真定军用储备。下诏中官奉使侵暴吏民者,由所在官吏惩治。这一月,驸马都尉梅殷镇守淮安。《太祖实录》修成。
建文四年(1402)春正月初一日,在蒙化召见原周王朱木肃,让其留居京师。燕兵连陷东阿、东平、汶上、兖州、济阳,东平吏目郑华、济阳教谕王省皆战死。十八日,魏国公徐辉祖率师增援山东,燕兵攻陷沛县,知县颜伯玮、主簿唐子清、典史黄谦死。三十日,迫近徐州。二月一日,都督何福及陈晖、平安陈军济宁,盛庸陈兵淮河上。二十六日,改定品官功勋等级。三月,燕兵攻宿州,平安迫至淝河,斩其大将王真,遇到伏兵而溃败,宿州陷落。
夏四月十五日,何福、平安败燕军于小河,斩其将陈文。二十二日,徐辉祖等在齐眉山打败燕军,斩其将李斌,燕兵害怕,图谋北归。这时,建文帝听信讹言,说燕兵已经投降,召徐辉祖回京,何福陷入孤立无援。二十八日,诸将与燕兵大战于灵壁,诸将全军溃败,陈晖、平安、礼部侍郎陈性善、大理寺卿彭与明均被擒获。五月一日,杨文率辽东兵赶赴济南,在直沽被击溃。七日,盛庸军在淮河上被击溃,燕兵渡过淮河,直趋扬州。指挥王礼等叛降燕军,御使王彬、指挥崇刚则战死。十九日,燕兵到六合,诸军迎战,失败。二十日,下诏天下救援京师,派遣御使大夫练子宁、侍郎黄观、修撰王叔英分道征兵。召齐泰、黄子澄还京。苏州知府姚善、宁波知府王王进、徽州知府陈彦回、乐平知县张彦方,各起兵入卫。二十二日,遣庆成郡主到燕军中去,讨论割地罢兵之事。
六月初一日,盛庸率舟师败燕军于浦子口,再战不利。都督佥事陈王宣以舟师叛附燕王。三日,燕兵渡过长江,与盛庸战于高资港,官军溃败。六日,镇江守将童俊叛降燕王。八日,燕军到龙潭。九日,命诸王分守都城,派李景隆及兵部尚书茹王常、都督王佐到燕军中去,重申割地罢兵之约。十日,又派谷王朱木惠,安王朱楹前往。燕王均不理睬。十三日,遣使者送蜡书四出,催促勤王兵。十四日,燕兵侵犯金川门,左都督徐增寿图谋内应,被诛灭。谷王朱木惠及李景隆叛降,接纳燕兵入城,都城陷落。宫中大火,建文帝不知所终。燕王遣中使在火中找出帝后尸体,过八天即二十一日安葬。