四月十一日，因岷王膺钅丕奏，逮捕武冈知州刘逊。给事中、御史庞泮、刘绅等进谏，下锦衣卫狱，不久释放。六月二十五日，免江西受灾税粮。

八月二十八日，免湖广受灾秋粮。九月六日，禁止势家豪族侵犯民利。

当年，日本、琉球、乌斯藏入朝进贡。

弘治十年(1497)正月八日，大祭天地于京城南郊。三月九日，因天旱起风沙而修身反省，求直言。二十二日，召见大学士刘健、李东阳、谢迁于文华殿商讨平民政事，以后经常如此。

五月二十七日，小王子侵犯潮河川。二十八日，侵犯大同。六月九日，侍郎刘大夏、李介整理宣府、大同军饷。

七月十四日，都督杨玉率京营兵，防备永平。

十一月三日，土鲁番放回陕巴，乞求与朝廷通好进贡。

当年，免南畿、山西、陕西受灾税粮，赈济山东、四川水灾。安南、暹罗、乌斯藏入朝进贡。

弘治十一年(1498)正月十一日，大祭天地于京师南郊。二月三日，小王子派使者请求进贡。

五月十三日，甘肃参将杨翥在黑山打败小王子。

七月十五日，总制三边都御史王越袭击小王子于贺兰山后，大败小王子。二十九日，徐溥辞官退职。八月二十日，赈救祥符遭黄河水患灾民。

十月四日，命令不得役使团营军士工作。十二日，清宁宫火灾。二十五日，命群臣修身反省，求直言，免明年上元节灯火。十一月二十日，免陕西织造羊绒。闰十一月初一日，有日食。二十四日，停止福建织造彩布。十二月九日，禁止朝中内外奢侈超过规定。二十一日，因清宁宫灾害，下诏大赦天下。

这年，免山西、陕西、两畿、广西、广东受灾税粮。土鲁番、乌斯藏入朝进贡。

弘治十二年(1499)正月十一日，大祭天地于南郊，免庆成宴。二月二日，免山东受灾夏税。十八日，严格邪道惑众之禁令。三月十八日，赐伦文叙等进士及第，出身各有差别。

四月四日，命令宣府、大同、延绥防备边境。当月，免湖广、江西受灾税粮。五月十九日，免南畿遭灾秋粮。六月十六日，阙里先师庙发生火灾，派使者慰问祭祀。

八月，免河南、南畿遭灾夏税。九月二十五日，普安女贼米鲁制造叛乱。二十七日，重新建成清宁宫。

本年，占城、乌斯藏、土鲁番、爪哇、撒马儿罕入朝进贡。

弘治十三年(1500)正月初十日，在京城南郊大祭天地。二月四日，免山西受灾税粮。六日，制定问刑条例。十一日，严格荐举连坐之法。

四月，火筛侵犯大同，游击将军王杲溃败于威远卫。二十二日，平江伯陈锐为靖虏将军，兼任总兵官，太监金辅监督军队，户部左侍郎许进提督军务，抗击火筛。五月初一日，有日食。三日，召大学士刘健、李东阳、谢迁于平台，讨论京营将领一事。十日，火筛大举入侵大同左卫，游击将军张俊击退火筛。六月二日，免江西受灾秋粮。停止山、陕采办物料。十八日，召陈锐、金辅回京，保国公朱晖、太监扶安前往代替陈锐、金辅，增兵抗击火筛。