府总兵官马芳在长水海子袭击俺答,又在鞍子山打败俺答。十六日,减免江西受灾税粮。二十三日,在南郊祭天。二十四日,命令广东、福建督抚将领一起征剿曾一本。十二月十六日,世宗神牌附祭于太庙。二十三日,规定并限制勋戚庄田数目。
这年,琉球入朝进贡。
隆庆三年(1569)正月八日,大同总兵官赵岢在弘赐堡打败俺答。二月六日,免陕西受灾秋粮。三月二十四日,曾一本攻陷碣石卫,副将周云翔杀参将耿宗元反叛,依附于曾一本。
四月十六日,总兵官雷龙出塞袭击河套诸部并打败河套各部。五月七日,总兵官郭成等在平山打败曾一本,周云翔被杀。十一日,御史詹仰庇请求停止奢侈费用,被驱除为民。
七月十一日,沛县黄河决堤。十四日,下诏天下官吏整治积蓄粮食以备荒年之政事。二十一日,派使者沿黄河赈济受灾州县。八月十二日,广东贼被平定,曾一本伏诛。二十一日,,礼部尚书赵贞吉兼文渊阁大学士,参与机要事务。二十六日,赈救南畿、浙江、山东水灾。九月六日,俺答侵犯大同,掳掠山阴、应州、怀仁、浑源。二十一日,大肆检阅。
十一月五日,在南郊祭天。十一日,京师地震发出声响,命令修身反省。十二月一日,命令厂卫秘密探访部院政事。二十二日,召高拱再次入阁。二十七日,尚宝寺丞郑履淳因谈论政事被廷杖下狱。当年冬天,免两畿、山东、浙江、河南、湖广税粮。
这年,陕西盗贼大起。琉球、土鲁番入朝进贡。
隆庆四年(1570)正月一日,有日食,免朝贺。初三日,避开正殿修身反省。本月,倭寇入侵广海卫城。二月二十七日,分设三大营文、武提督六人。
四月一日,京师发生地震。九日,俺答侵犯大同、宣府,官兵击退俺答。这月,陕西盗贼侵犯四川。五月六日,给事中李己进谏买金银宝物,遭廷杖下狱。
七月三日,禁止奏章空洞冗长。命令抚、按官员严禁官吏施行酷刑。二十二日,陈以勤辞官退职。二十九日,减免四川受灾税粮。八月十五日,宣府、大同报警,命令防备边境。九月八日,陕西发生水灾,减免税粮及赈恤各有不同。九日,邳州黄河决堤。十七日,减免北畿、湖广受灾后应交税粮。十八日,俺答又侵掠大同,副总兵钱栋战死。二十三日,侵犯锦州,总兵官王治道等战死。二十九日,罢免京师营兵文武提督,设置总督协理大臣。
十月九日,俺答孙子把汉那吉前来投降。十三日,以把汉那吉为指挥使。二十八日,考察给事中、御史官。十一月十三日,俺答乞求加封。十五日,在南郊祭天。二十一日,赵贞吉停职。二十五日,礼部尚书殷士儋兼文渊阁大学士,参与机要事务。十二月四日,俺答捉拿叛乱首领赵全等九人进献于朝,下诏遣返把汉那吉,丰厚赏赐给他。二十二日,受俘,赵全等分尸弃市。
隆庆五年(1571)二月二日,群臣及朝觐官在文华殿左门谒见皇太子。二十七日,封皇子朱翊。。为潞王。三月十八日,赐张元忭等进士及第、出身各有不同。二十八日,封俺答为顺义王。
四月三日,邳州黄河再次决口。五月一日,古田僮贼被平定。十七日,李春芳辞官退职。六月一日京师三次发生地震,命令修身反省。十四日,授予河套部部长吉能为都督同知。二十四日,顺义王俺答进贡马匹,告诉宗庙接受庆贺。二十六日,俺答捉拿赵全余党十三人进献给朝廷。
八月十四日,允许河套诸部互市买卖。九月二十四日,修成三镇贡市。