日,王锡爵归乡探亲。
秋七月二十日,朱翊钧告诫廷臣:因国事纷纭,使得大臣争相请求辞官还乡,以后有肆行诬蔑的人要从重治罪。八月初五,免除河南受灾地方的田租。九月初十,许国辞官。十二日,申时行辞官。十五日,吏部侍郎赵志皋担任礼部尚书,原礼部侍郎张位担任吏部侍郎,一同兼任东阁大学士,参与机要事务。
冬十月初一,京营军官在长安门哗变。十二月初二,下诏规定戚臣庄田数目。二十一日,河套部敌进犯榆林、延绥,总兵官杜桐将其击败。这一年,京师发生蝗灾,南畿、浙江发生水灾,朝廷分别予以赈济和减免赋税。同年,琉球前来朝贡。
万历二十年(1592)春正月二十六日,给事中孟养浩建议立太子,被施杖刑于阙下,并被削除官籍。三月初八,宁夏已辞官的副总兵口孛拜杀害巡抚都御史党馨、副使石继芳,占据城池反叛。十一日,王家屏辞官。十二日,总督军务的兵部尚书魏学曾领兵讨伐宁夏叛贼。十八日,朱翊钧赐予翁正春等人以进士及第及其他不同的出身。
夏四月十五日,总兵官李如松提督陕西讨贼军务。二十六日,甘肃巡抚都御史叶梦熊率兵会同魏学曾讨贼。扯力克擒住贼首,开关献俘,于是朝廷返还其两年互市赏赐。五月,倭寇进犯朝鲜,攻陷王京,朝鲜王李日公逃往义州求救。六月十九日,各路兵马进军到宁夏,贼寇引诱河套部进犯,被官军击退。
秋七月十六日,免除陕西拖欠赋税。十七日,副总兵祖成训率兵援救朝鲜,在平壤与倭寇交战,战败。二十七日,罢免三边总督魏学曾,以叶梦熊取而代之,不久逮捕魏学曾,打进监狱。八月十八日,兵部右侍郎宋应昌经略防备倭寇之军务。二十二日,朝廷诏谕各地督抚举荐将材。九月十六日,平定宁夏贼寇。
冬十月十六日,李如松提督蓟、辽、保定、山东军务,并担任防海御倭总兵官,援救朝鲜。同月,赈济京畿、浙江、河南受灾各府,并分别对田租予以减免。十一月十二日,朱翊钧驾临午门,接受宁夏战俘。十二月八日,告示天下:宁夏贼寇已被平定。这一年,有暹罗、土鲁番前来朝贡。
万历二十一年(1593)春正月十九日,李如松将平壤倭寇击败。十六日,王锡爵还朝。二十六日,朱翊钧下诏封三个皇子为王,朝廷大臣据理力争,不久作罢。二十七日,李如松进攻王京,在碧蹄馆与倭寇相遇,战败。二月二十九日,犒劳东征将士。
夏四月十九日,倭寇放弃王京而遁。六月十四日,朱翊钧诏令天下各地每年夏季审讯囚犯,对轻犯之类予以减刑和释放,以两京为例。二十日,倭使小西飞真诚请求投降。
秋七月初一,诏谕救援朝鲜的各边镇军队返回。初三,出现彗星,命群臣修身反省。八月初五,朱翊钧以灾异频繁为由,命内外诸臣修举实政。
冬十月十六日,中止行刑。十二月初七,蓟辽总督顾养谦兼理朝鲜事务,召回宋应昌、李如松。当年,赈济江北、湖广、河南、浙江、山东饥荒。河南矿贼大起。乌斯藏前来朝贡。
万历二十二年(1594)春正月二十日,朱翊钧诏示天下:各省灾害频繁,尤以山东、河南、徐、淮为甚,盗贼四起,官吏玩忽职守,朝廷诏令不行,自今以后,要以安民除盗之政绩来决定罢免和升迁抚按官员。二月初四,皇长子朱常洛出阁讲学。十六日,派官员赈济河南,并免除其田租。三月二十五日,诏令修订国史。
夏四月初一,日食。五月十四日,礼部尚书陈于陛、南京礼部尚书沈一贯同时兼任东阁大学士,参与机要事务。二十四日,王锡爵辞官。六月初二,雷雨交加,西华门遭灾,诏令修身反省。
秋七月二十日,河套部长卜失兔进犯延绥。当月,延绥总兵官麻贵在下马关击败河套部敌军。
冬十月十五日,南京兵部右侍郎邢。。总督川、贵军务,讨伐播州宣慰使杨应龙。二十三日,诏谕倭使入朝。当月,炒花进犯辽东,总兵官董一元将其击败。这一年,琉球、乌斯藏入朝进贡。
万历二十三年(1595)春正月癸卯日,朝廷派遣都督佥事李宗城、指挥杨方亨封平秀吉为日本国王。三月二十三日,赐朱之蕃等人为进士及第以及其他不同出身。
夏五月二十六日,京师地震,朱翊钧命令群臣修身反省。