也自立于肇庆,伪号永历,并派遣兵部侍郎林佳鼎前去讨伐朱聿钅粤。恰逢大军由福建出发攻取广州,逮捕朱聿钅粤,苏观生自缢而死,祭酒梁朝钟、太仆卿霍子衡等全部死去,肇庆大为震惊,王坤又尊奉朱由榔逃至梧州。
第二年二月,朱由榔由平乐、浔州逃往桂林。丁魁楚抛弃朱由榔,逃往岑溪,投降大军。不久,平乐失守,朱由榔十分恐慌。正逢武冈总兵官刘承胤率军到达全州,王坤请求奔赴全州。瞿式耜极力劝谏,朱由榔不予采纳。于是朱由榔命瞿式耜及总兵焦琏留守桂林,封陈邦传为思恩侯,驻昭平,然后自己则投靠刘承胤军中。三月,朱由榔封刘承胤为安国公,锦衣卫指挥马吉翔等为伯。刘承胤挟持朱由榔返回武冈,改名奉天府,政事均由他决定。
这时,长沙、衡、永均已失守,湖广总督何腾蛟与侍郎严起恒逃往白牙市。六月,朱由榔派遣官员前去将何腾蛟召来,暗中命他除掉刘承胤,但因刘承胤势力很大,何腾蛟重返白牙市。大军由宝庆直趋武冈,马吉翔等挟持朱由榔逃往靖州,刘承胤则举城投降。朱由榔又逃奔柳州,经过古泥,总兵官侯性、太监庞天寿率水师前来迎接。当时正逢天雨、饥饿,而侯性对食宿准备十分充分。九月,土舍覃鸣珂作乱,在城中大肆抢掠,弓箭射到朱由榔的船上。在此之前,大军直趋桂林,焦琏拼力拒守,广州又出现紧急情况,大军往东而去,桂林才稍微安定下来。不久,湖南十三镇将郝永忠、卢鼎等都奔赴桂林,何腾蛟也到达,与瞿式耜商议给诸将划分地域,让他们各自防守。当时焦琏已收复阳朔、平乐,陈邦传收复浔州,然后合兵收复梧州,广西全省略定。十二月,朱由榔返回桂林。
五年二月,大军到达灵川,郝永忠在兴安溃败,逃回桂林,挟持朱由榔逃往柳州。大军进攻桂林,瞿式耜、何腾蛟拼力抵抗。当时南昌金声桓等反叛,投降朱由榔。八月,朱由榔到达肇庆。六年春,大军攻下湘潭,何腾蛟死难。第二年,朱由榔逃至梧州。这年十二月,大军进入桂林,瞿式耜及总督张同敞死难。朱由榔获悉,十分害怕,从梧州逃奔南宁。当时孙可望已占据滇、黔,受封为秦王。八年三月,孙可望派兵前去保卫,杀死严起恒等人。
九年二月,孙可望将朱由榔迎入安隆所,改为安龙府。随着时间的推移,朱由榔感到日益困窘紧迫,他获悉李定国与孙可望之间有隔阂,便派使者密召李定国,率军来迎。马吉翔是孙可望的党羽,侦探得知此事,大学士吴贞毓以下十余人均被处死。此事详见《吴贞毓传》。二年后,李定国在新会战败,将要由安陆进入滇。孙可望十分担心,催促朱由榔移往贵阳靠近自己。朱由榔却故意延迟动身。李定国到后,于是尊奉朱由榔由安南卫奔往云南,住在孙可望的官署中,朱由榔封李定国为晋王。孙可望因为妻儿还留在滇,未敢有所行动。第二年,朱由榔将其妻儿送回黔,孙可望于是与李定国战于三岔。孙可望的部将白文选独自骑马投奔李定国军。孙可望战败,携妻带儿奔赴长沙投降了大军。