还没有上奏，正好皇上召见方宾，方宾极力说兴兵的费用不足。皇上很不高兴，召原吉来问边防储备情况，原吉回答说：“连年出兵，都无功而返，军马储备已损失了十分之八九，加上灾荒不断发生，现在已经内外交困了。况且您圣体欠安，还需要调养，就请遣将出征，不要劳动车驾了。”皇上大怒，立即命令原吉出去治理开平的粮食储备。而吴中进去所说的也和方宾一样。皇上更加愤怒，将原吉召回，关进内官监，并将大理寺丞邹师颜也关押起来，理由是他曾代理户部事。方宾惧而自杀。皇上于是抄原吉的家，除赐给的钞币外全部没收，只剩下布衣和坛坛罐罐。第二年皇上北征，因粮尽而返。其后，又连年出塞，但都不见敌人。在回到榆木川时，皇上病危，对左右的人说：“夏原吉爱护我。”皇上逝世的消息传到后三天，太子跑到关押原吉的地方，呼喊原吉，哭着告诉了他。原吉哭倒在地，许久不能起来。太子令他出狱，商议丧礼事宜，又问赦免诏书该写些什么。原吉回答说要赈济饥民，减省赋役，停罢下西洋的取宝船以及向云南、交趾地区各道采办金银。太子全听从了。

仁宗即位后，恢复原吉的官衔。当原吉还在狱中时，母亲去世了，这时他请求回家守孝。皇上说：“您是老臣，应当与我共济艰难。您有丧事，难道我就没有吗？”皇上给他优厚的赏赐，命他家人护丧，用驿车送回去下葬，又令有关官员治理丧事。原吉不敢再说什么。不久加封为太子少傅。吕震是太子少师，朝拜班次在原吉之上，皇上命鸿胪寺将他列在原吉之下。进封少保，仍兼太子少傅、尚书，享受三职俸禄。原吉极力推辞，皇上允许他辞去太子少傅俸禄。赐给“绳愆纠缪”银章，并在南北两京建府第给他。

不久仁宗逝世，太子从南京北上。原吉奉遗诏到卢沟桥迎接。宣宗即位后，原吉作为先朝重臣更受敬重。第二年，汉王高煦造反，也以“靖难”作为借口，檄文列举了各大臣的罪状，原吉排在第一个。皇上晚上召大臣们来商议。杨荣首先劝皇上亲征。皇上很为难。原吉说“：您难道不知道李景隆的故事吗？臣昨天见到所派遣的将领，命令才下脸色就变了，临事就可想而知了。而且兵贵神速，卷起盔甲，快步前进，正可以先声夺人。杨荣的计策好。”皇上遂下了决心。回师后，皇上加倍赏赐，赐给守门人三名。原吉以无功推辞，皇上不听。

宣德三年(1428)，原吉随皇上北巡。皇上拿过原吉袋里的干粮尝了尝，笑着说“：怎么这么难吃？”原吉答道“：军中还有挨饿的呢。”皇上命赐给他大官吃的美食，并犒赏将士。随从皇上在兔儿山阅兵，将领们动作太慢，皇上大怒，脱下他们的衣服。原吉说：“将帅，是国家的栋梁，怎能将他们冻死？”他又反复极力谏阻。皇上说：“看在您的面上将他们放了。”原吉又与蹇义一起获赐银印，上面刻着“含弘贞靖”皇上雅善绘画，曾亲手画了一幅《寿星图》赐给原吉。皇上所赐的其他图画、衣物食品、器皿用具、银币和玩好之物，几乎每天都有。五年正月，两朝《实录》修成，皇上又赐给金币、鞍马。天明入宫谢恩，回来后去世，终年六十五岁。赠太师，谥忠靖。敕令户部免除他家的赋税徭役，并且以后世代都不再征收。

原吉度量宽宏，人们都不能测其深浅。同事有好的建议，他马上采纳；别人有小错，必定为之掩盖。有个小吏曾把皇上赐给他的金丝衣服弄脏了，原吉说：“不要害怕，脏了可以洗嘛。”又有个小吏把一本精微文书弄污损了，小吏叩头请求将他处死。原吉却不向他问罪，自己去见皇上，承认过错，皇上命人给他换了一本。吕震曾经排挤原吉，后来吕震为儿子求官，原吉因他在“靖难”时守城有功，便帮他请官。平江伯陈蠧当初也不喜欢原吉，原吉却常常称赞他的才能。有人问原吉“：人的度量可以学吗？”原吉说“：我小的时候，别人冒犯我，我未尝没有发怒过。后来先在外表上忍住不怒，再后来又在心里忍住，久而久之就没什么要忍的了。”他曾在夜间批阅文书，抚案叹息，执笔难下。妻子问他，他说“：这是年终大案的奏章。”与同事在外饮酒，晚上回来时正赶上下雪，经过禁门时，有的人不想下车。原吉说“：君子不以在冥冥之中降低做人的准则。”他就是这么谨慎。