千户王臣南行收罗药物、珍玩,所到之处骚扰不安,县令很多被侮辱。王敬一行到了苏州,召诸生写妖书,诸生大哗。王敬奏告诸生违抗命令。王恕急忙上疏说:“正值灾年,应该遣使赈济,王敬反而横蛮地索取珍玩。以前唐太宗暗示梁州献名鹰,唐明皇命令益州织半臂衤背子的异服,献琵琶杆拨子、镂牙合子诸物,李大亮、苏廷页拒不奉诏。臣虽比不上他们,却敬慕李大亮这样的人。”接着把王敬等的罪状全都一一列出。王敬也诬奏王恕,并牵涉到常州知府孙仁,孙仁被逮捕。孙仁是江西新淦人,由进士到知府,为人正直严厉,王敬来时孙仁没表示恭敬,由此得罪了王敬。王恕上书直言救孙仁,三次上疏弹劾王敬。正碰上宦官尚铭也揭发王敬的罪状,于是将王敬等逮进监狱,罚其党徒十九人戍边,而将王敬在街市杀头示众。将王敬的首级送到南京。孙仁也被释放,后来官至巡抚宁夏右副都御史。
二十年(1484),又改任王恕为南京兵部尚书。此时钱能也守备南京,对人说“:王公,是天界之人,我恭敬侍奉而已。”王恕坦诚待他,钱能终于收敛多了。林俊被下狱,王恕上疏说:“天地只有一坛,祖宗只有一庙,而佛却有千余座寺。修建一寺,移民有数百家,花费国库几十万两银子,这是很不应当的。林俊说的对,不应该判罪。”宪宗见到疏不高兴。王恕对事情从容陈述毫不回避。先后应诏陈述问题有二十一次,提建议三十九次,都是极力阻止有权势为皇帝宠幸者的胡作非为,天下人倾心敬仰他,每当政事遇到不合理的情况,必定有人说:“王公怎么不说呢?”要不就说“:王公疏马上到了。”事毕,王恕疏文果然到了。当时歌谣说:“两京十二部,独有一王恕。”于是权贵近幸都对他十分嫌恨,宪宗也对他颇感厌烦。
二十二年(1486),起用传奉官,王恕进谏更加深切,宪宗愈加不高兴。王恕先已被加封太子少保,时逢南京兵部侍郎马显请求辞官,忽然在批文上附上王恕以太子少保退休。朝野大为惊骇。王恕数为巡抚,从侍郎到尚书、都在留都(南京)。由于好说直话,终于不能呆在朝廷。回到家乡后,名望更高,廷臣不断向上推荐他,工部主事仙居县的王纯把王恕比作东汉的汲黯,以至受到杖责,被降为思南府推官。
孝宗即位,才采纳廷臣的举荐,召王恕入朝廷为吏部尚书,不久加封太子太保。先前,朝内外弹劾大学士刘吉的官员,必定举荐王恕,刘吉因此大为怨恨。凡是王恕所推举的,他必定暗中阻挠。弘治元年(1488)闰正月,言官弹劾两广总督宋。。、漕运总督丘鼐等三十七人应该降职免职,这其中有很多向来有名望的官员。刘吉竟然直接领旨予以批准,奏章不下到吏部。王恕因为不能行使其职权,上疏请求离去,孝宗不批准。陕西缺巡抚,王恕推荐河南布政使萧祯。皇帝下诏另外推选,王恕坚持上奏说:“陛下不因为臣不成器,任臣就职吏部。如果臣所举荐无效,是臣的罪过。现在陛下怎么知道萧祯不才而回绝?想必是左右近臣意有所属。臣不能指望以顺风倒来保住官位。陛下既认为萧祯不值任用,则是认为臣不值任用,希望放我回乡以保全这把老骨头。”孝宗终于任用萧祯。
当时言官多称王恕辛苦并且年老,不适合担任繁重的职务,应该安置在内阁参予一些大政要事,最后,南京御史吴泰等又说这件事。孝宗说:“朕采用蹇义、王直先例,任王恕在吏部为官,王恕有建议,未曾不听,何必进入内阁呢?”王恕曾经侍奉孝宗开御前讲席,见孝宗苦于暑热,请求依照旧例在寒冬酷暑期间暂停御前讲席,仍然将讲义呈进宫中。进士董杰、御史汤鼐、给事中韩重等于是交错上奏章驳斥,王恕以有罪请求解职,孝宗好言劝阻。王恕上言道“:臣承蒙国家厚恩,日夜思报。人们见陛下委任臣职位过重,就期望臣更甚,希望臣要尽取朝政重新安排,像宋代司马光那样。且不说臣的才能远不及司马光,即按当今时势而言也不是元。。年间。况且六卿分职,各有所辖,臣岂敢越权行事。但是董杰等责备臣,臣无法逃罪,只请求允准返乡。”孝宗又好言慰留。王恕感激皇帝对他的器重,更加全身心投入处理国事。王恕正要因病休假,听说孝宗提升很多宦官,甚至赐蟒衣、庄田,王恕全在疏中恳切地劝谏。宦官黄顺要求起复匠官潘俊以供役使。王恕说不能因小臣破坏制度。黄顺坚持再上奏章,竟获孝宗批准。
刘吉已对王恕怀恨在心,刘吉陷害寿州知州刘概以及言官周。。、张籨、汤鼐、姜绾等,王恕直言上书极力相救,刘吉因此更加恨他,就伙同与其关系密切的魏璋等一起排挤王恕。王恕先后举荐罗明、熊怀、强珍、陈寿、丘鼐、白思明等,刘吉都暗示魏璋等阻挠。王恕知道其志不能实行,接连上奏章要求离去。孝宗总是安慰挽留他,并且因他年老特批准免去午朝,遇到大风雪,早朝也免。
徽王见沛求归德州的田土,已得孝宗批准。王恕说皇室宗亲不应为争夺尺寸土地,而使百姓失业,孝宗婉转地予以答复。卢沟桥修成,宦官李兴要求提升文思院副使潘俊等官员。王恕说“:营造为日常工作,怎能记功?成化末年才有此事,陛下初政时所幸已革除裁汰,为什么又实行?况且修建皇陵大工程也未听说升职,其他的人援此例也求升职,将以何词回绝呢?”孝宗采纳王恕的意见。事后,修京城河的桥,孝宗又批准李兴请求授给四人官职,答应赐五人帽子和腰带。王恕上奏章劝谏,孝宗不听,王恕第二次上疏规劝说:“臣主管考察任免官员,理当尽言。而再次上疏不能改变陛下的视听,陛下认为既然已批准的不能改变。事情要求恰当,如果不恰当,就是改变十次又有何害?否则流弊就不可挽救。”孝宗回答已知道了。王恕先后因为灾异分列七件事,由于星象异变陈述二十件事,都切中时弊。寿宁伯张峦要求赐勋号、诰敕。王恕说:“钱、王两太后在宫中为皇后数十年,钱承宗、王源才求得爵位。现在皇后才立三年,张峦已经封伯爵,陡然有这个请求,对陛下圣德有影响,不应批准。”通政经历高禄是张峦的妹夫,越级升为本司参议。王恕说“:天下之官位是留给天下才学之士,勿徇私情封贵戚,造成不良影响。”宫中传旨让御医徐生超依次递补为院判,王恕请求从考绩最上等的官员中选拔。其意见不被接受。文华殿中书舍人杜昌等凭借关系增加俸禄,御医王玉自己要求晋升官职,王恕都极力争辩而作罢。