且古时候是各国都有君臣,大臣可以去此而适彼;现在是一统天下一处君臣,大臣对自己君父的义务不可能逃出天地之间。再说仁人不能抛弃父母,义士不能先己后君,这两者不能偏重其一。我四次上书极力推辞,还想着词臣中能有刘定之、罗伦那样的人替我抗言上书申请,让我能满足自己的心愿呢。后来等我来到京师时,听说道周的人品、学术都是一代宗师呢,竟然自称不如郑曼阝。”庄烈帝说:“不错,我正打算问他呢。”接着问道周说:“古人心里无所图,现在的人却各有私虑,所以孟子想纠正人心,消灭邪说。古时候的邪说是另外自成一派的,现在的邪说却干脆依附在圣贤的经传中,对世道人心的危害更大了。我且问你,你自称不如郑曼阝,是什么歪道理?”道周回答说:“匡章受到举国上下的遗弃,但孟子对他不失礼貌,因为他自有长处。我说不如郑曼阝,也只是说我在文章上不如郑曼阝。”庄烈帝说:“章子得不到父亲的欢心,这跟郑曼阝棍打母亲怎么相比。你自称比不上他,难道不是和他勾结又是什么?”道周说:“大家都讨厌一个人时,皇上务必要自己明察,不要随便附和。”庄烈帝又问:“新甲是怎么走邪道,寻求关系踏上仕途的?另外你所说的柔媚取悦,点头哈腰的又是哪一个?”道周回答不上来,只是说:“一个人思想不端正,那么他的一切行为都不会正确的。”庄烈帝又问:“丧当然是凶礼,难道碰上凶丧的人就是凶人,都是不祥之人?”道周说:“古时候大夫守丧三年,君王的命令根本就不会传到他家门口。他自称凶与不祥,所以举行军礼时凿开凶门走出来。克制孝心出来做官,在疆外还是可以的,在朝中就不行。”庄烈帝问道:“人既然可用,为什么要区分内外?”道周说:“我们明朝自从罗伦议论克制孝心以来,前后有五十多人出来做官,多在边疆。所以嗣昌在边疆是可以的,在中央就不行了;在中央还算可以,在政府就不行了;只嗣昌一个人还可以,他又呼朋引类,简直要把朝廷搞成一个有丧不守的夺情世界了,这就更加不行了。”庄烈帝又把他盘问了好久,最后说:“少正卯当时也被称为名人,思想反动而且邪恶,行为不正而且固执,言论错误却说得头头是道,赞同错误还要予以润色,记诵一些乌七八糟的知识但是十分广博,所以难以逃脱圣人的诛戮。现在很多名人也差不多是这样了。”道周说:“少正卯心术不正,我心正,没有丝毫的私欲。”庄烈帝恼了,过了片刻,命令他出去听候圣旨。道周说:“我今天话不讲完,是我对不起陛下;陛下如果今天杀我,就是陛下对不起我了。”庄烈帝说:“你一生的学问,就只学会了油嘴滑舌。”喝令他退出去,道周叩头后后退几步,又跪着说道:“我敢把忠诚直言和油嘴滑舌剖析一下看。一个人在君父面前独立不阿、大胆说话如果叫作油嘴滑舌,难道在君父面前谗谄面谀叫作忠诚?忠诚直言与油嘴滑舌不能分辨,正直与邪妄混乱不清,怎么能实现太平?”庄烈帝说:“是呀,但也不是朕随便用油嘴滑舌来批评你。我提的是这个问题,你回答的是另外的事情,这还不是油嘴滑舌是什么?”又一次喝令他退出去,然后回头看着嗣昌,感叹道:“现在人心轻薄是多么严重啊!道周肆无忌惮,他能不自认为正直吗?”于是把文武群臣都召来聆听了一番教导,然后退朝了。
这个时候,庄烈帝忧心军事,认为可以托大事的只有嗣昌这么一个人,所以破格选用了他。道周泥守经典,违背了庄烈帝的意思,等召见他问话时,他又不退让,庄烈帝十分恼火,想对他实行严惩,害怕他名声太大,影响不好,所以没敢决定下来。这个时候刘同升、赵士春也因为弹劾嗣昌,朝廷决定给予严惩,但吏部给予道周的贬处却很轻。嗣昌担心给道周的处分轻了,弹劾自己的人就会没完没了,所以紧急收买人弹劾道周。刑部主事张若麒打算调入兵部,就迎合嗣昌的意思上书说:“我听说人主的尊贵,尊贵到独一无二的地步;人臣不应自居尊大,自居尊大就该杀头。现在黄道周和他的同伙捏造谣言,贬损皇上的德行,把古往今来不曾有过的好话都加在道周身上,那么一切不好的就都可以归过于君父了。朝廷如果不颁布前些时召大臣问话的整个经过,让天下人知道,那么背公死党的家伙们就会乱传出去,迷惑各地吏民,私自写出来让后代人犯疑,掩没圣天子纠正人心,消灭异端邪说的真实意图。这样影响就很不好。”庄烈帝于是就给廷臣们传了一篇指示,要大家不要接受道周的挟持,与他相互勾结,共有几百字。把道周贬官六级,让他去当江西按察司的照磨。若麒果然如愿,调到了兵部。
很长时间以后,江西巡抚解学龙推荐自己手下的官吏,对道周称颂备至。按惯例,这种奏疏只交有关部门看取,庄烈帝也不再批阅。可是大学士魏照乘极其讨厌道周,就起草诏令批评学龙胡乱推荐。庄烈帝于是发了火,立即把他俩剥夺官籍,逮进刑部的监狱里,批评他们勾结成奸,破坏政治,都打了八十大杖,追究他们的党羽。狱词中牵连到编修黄文焕、吏部主事陈天定、工部司务董养河、中书舍人文震亨,这四个人也被关进监狱。户部主事叶廷秀、监生涂仲吉营救他们,也被关进了监狱。尚书李觉斯量刑很轻,庄烈帝严厉批评了他,又改判为到烟瘴地面充军,庄烈帝还是认为量刑太宽,把觉斯给除了名,把道周移交镇抚司加以拷问,然后才送回刑部狱。过了年后,尚书刘泽深等说:“学龙、道周两个人的罪判他们永久充军也就够了,再往上只有处死刑。处死刑的大臣不是因为丢失领土就是贪婪、凶狠,没有哪个人因为提意见被处死的。道周没有丢失领土或贪婪、凶狠的罪名,而有提意见被杀掉的名誉,如果死刑让道周碰上就不是我们的圣主所有的载天覆地的肚量了。陛下所怀疑的只不过是帮派。但拉帮结派,表现在行动上。道周抗言上书,只借文字讲空话,有那么一两个要好的朋友也都跟着罢免了,所谓的帮派在哪里,用得着动用朝廷的刑法?况且陛下怎么会积恨于道周呢?万一日后您回心转意了,可是我的死刑判决已成事实,那时后悔也没用了。”所以仍旧请照原判结案。道周于是被判为永久充军广西。
十五年(1642)八月,道周充军已有一个年头了。一天,庄烈帝召五位辅臣进入文华后殿,手拿一册书随便问道:“张溥、张采是怎么样的人?”大家都回答说:“是读书好学的人。”庄烈帝说:“张溥已经死了,张采只是一个小官,科道官为什么热心称赞他?”大家回答说:“他胸中装有不少书,科道官因为对他的使用不到头,所以惋惜他。”庄烈帝说:“他为人也不免有些偏激。”当时延儒在嗣昌死后又一次进了内阁,要参考大家的意见为道周活动,就回答说:“张溥、黄道周都不免有些偏激,只是因为他们擅长学问,所以人人都惋惜他们。”庄烈帝没有做声。蒋德瞡说:“道周过去被判充军,皇上的恩德已很宽大了,只是他家里穷,孩子还小,实际情况让人怜悯。”庄烈帝再露微笑。陈演说:“道周这个人对父母也极孝顺。”吴生生说:“道周学无不通,并且为人很清苦。”庄烈帝不答话,只是微笑而已。第二天就传出圣旨恢复道周原来的官职。道周在路途上上书谢恩,称赞了学龙、廷秀的贤德。回到京师后,庄烈帝召见了他,道周见到庄烈帝就流下了泪,说:“我想不到现在还能再见到陛下,只是我本来就在生病。”向庄烈帝请假,得到了批准。
过了很久,福王监国,用道周为吏部左侍郎。道周不想出任,马士英劝说道:“人望在你身上,你不出来,想跟着史可法拥立潞王吗?”道周于是迫不得已进入朝中,交上了九篇进取北方的策论,朝廷册封他为礼部尚书,让他协理詹事府的事务。只是当时朝政一天天坏了下去,大臣相继离开南都,有见识的人都知道福王即将灭亡了。第二年三月,福王派道周去祭告大禹陵,出发前,道周又递上一篇进取策,当时没有被采纳。道周刚办完事,南都亡失了,他到衢州去拜见唐王朱聿键,上表劝进,唐王让道周当武英殿大学士。道周的学问、品行都很高,唐王特别尊敬他,曾经赐宴给他。郑芝龙封为侯爵,位置在道周之上,大家主张压一压芝龙,文武大臣由此不和睦了。有个学生上书攻击道周迂腐,不能担任辅臣,唐王知道是出自芝龙的意思,故意把这个学生交督学御史打了一顿。