崇祯元年(1628),召自严当了户部尚书。自严因为财政支出极为困难,请清查拖欠的田赋,开垦屯田,严格成绩考评,裁减多余的士兵,停发蓟州、密云、昌平、永平四镇新增加的二十二万两盐菜银,庄烈帝都批示同意了。二年三月,自严上书说:
“各边镇往年的例子,除辽饷外,其他军饷是三百二十七万八千多两银子。现在蓟州、密云等镇省下三十三万,还应付出二百九十四万八千。统计京边每年收入的数字,田赋是一百六十九万二千,盐课是一百一十万三千,关税是十六万一千,杂税是十万三千,事例约二十万,总共是三百二十六万五千多两。可是历年拖欠,一年中实际收入不满二百万,就是全部充作边饷也没有赢余。可是京城支取的各项费用每年是八十四万,辽东提塘费用三十多万,蓟州、辽东抚赏费用十四万,辽东旧饷改新饷增加的是二十万,支出大于收入,已达一百十三万六千两。况且还有供给宫廷召买的费用,宣府、大同的抚赏金以及一切不时之需,也有超出常额的情况。请陛下传令廷臣,让大家就财政收支问题各陈己见!”
于是廷臣争着提出各自的主张,自严选择其中可行的办法,先列出十二条意见交上,分别是增卖盐引,讨论铸造钱币,集中各项杂税,清查不缴租的田亩,征收寺庙产业税,核定牙行税率,停止修建仓库,停止维修、兴建公署,增收南京的马匹协办税、崇文门店铺税,调整京运拨兑比率、板木折价比率。后来又列了十二条意见,分别是增加关税、捐献公费、出卖生祠、重定市税、裁减冗役、清查虚冒、加收赎罪款、班军折银、吏胥纳班银、出售河滨滩荡、京东水田、殿工冠带。庄烈帝都予以批准执行。
庄烈帝又命令编定《赋役全书》,自严说:“《全书》的编写,是从实行一条鞭法开始的,距今已经四十五年了。有同一条规定而现在多那时少的,它的弊病是混派;官府听凭奸吏随意瓜分,它的弊病是花派。对此应当大力整顿。”进而做出八条规定呈请,庄烈帝就命令颁布全国。
给事中汪始亨极力批评当时盗取屯粮损失军饷的弊端。自严说:“这个问题相沿已久,难于核实。请无论军种民种,一律照民田征收田赋!”庄烈帝同意了他的意见。在此之前,魏忠贤乱政,边饷多缺,自严这时却按期供应。自严还曾经上书说:“最浪费钱财的莫过于客兵的银饷。各边镇每年的例额总共是三百二十七万两,客兵的银饷就占了三分之一,应该狠心把它减下来。其次就是抚赏、召买、修筑等费用,都不能不节省。”庄烈帝以赞扬的口气接受了。
这年冬天,京师受到攻打,庄烈帝忧劳国事,半夜里能发出几道圣旨过来。自严做出的回答毫无迟疑,不敢放下心来睡觉,因此脑袋、眼睛都肿了,幸好没有什么缺少的东西。第二年夏天,他以六条罪过自我批评,请求离职,庄烈帝好心地加以安慰、挽留。以前因为考满自严已加官太子少保,现在朝廷评定遵化、永平战胜敌人得到收复的功劳,又给他加官为太子太保。