朝将士散亡七百多人,不过世贤等将领也有斩敌俘敌的功劳。然而给事中姚宗文却在朝廷里腾舌诽谤,廷弼因此无法再安心职守了。宗文这个人原先任户科给事,因守丧离职回乡。回朝以后想入补做官,而吏部的几次申请递给皇上以后都被放置几年,不予批准,宗文引以为忧。又假借招来西部人民的名义,托执政的大臣推荐自己,荐章上了几次,仍得不到任用。宗文没法可想,就写信给廷弼,让他为自己请求一官。廷弼没有随从他,宗文因此怨恨廷弼。后来他一路巴结,才复职于吏科,到辽东来检阅兵马,与廷弼议事,大多意见不一。辽东人刘国缙原先做过御史,在三年一次的考绩中受到贬职处分。辽地战事起来后,朝廷决定用辽人,于是他才做了兵部主事,参与军务。国缙主张召募辽人为兵,按他的办法召募了一万七千多人,后来有一半以上逃跑了。廷弼把此事报给朝廷知道,国缙也对廷弼产生了怨恨。过去廷弼当御史的时候,与国缙、宗文一起负责进言,相互之间,意气相得,共同以排斥东林、攻击道学为职事。国缙等对廷弼寄以旧望,廷弼却不能和从前一样了,这样他们之间更两相失望了。宗文本出自国缙门下,他们两个从此更加勾结在一起,倾轧廷弼。等到宗文回朝以后,上书陈说辽地疆土日见减少,诋毁廷弼废弃大家的计谋,夸张自己的错误,并且说:“那里的军马也不训练,将领未加部署,人心既不亲附,刑罚有时并无作用,只是军民的劳务没有停止的时候。”又鼓动他那一伙人起来攻击,想非使廷弼去职不可。御史顾忄造首先起来,弹劾廷弼出关一年有余,诸事没有规划;蒲河失守,隐瞒消息不上报;带着兵器的战士不用于作战,只用来挖沟,尚方宝剑在手不求有补国事,只是供自己作威作福。
这个时候,光宗去世,熹宗刚刚登基,朝廷里事情正多,而对边疆大臣的议论也开始了,御史冯三元弹劾廷弼八件没有谋略的表现,三件欺瞒皇上的事,说不把他罢免,辽地终究无法保有。熹宗把冯三元的奏章发给朝臣议论,廷弼恼火了,上书为自己竭力辩解,并且请求罢官回乡。御史张修德又弹劾他破坏辽阳。廷弼更加愤恨,又一次上书自白,说“辽地现已转危为安,为臣却要由生向死了”于是缴回尚方宝剑,竭力请将自己免职罢官。给事中魏应嘉又弹劾了他,朝廷终于决定准许廷弼去职,用袁应泰接替了他。廷弼于是上书请求派人来调查。三元、应嘉、修德等又连章极论廷弼的过失,廷弼就请派他三个来核实,熹宗听从了他的意见。御史吴应奇、给事中杨涟等坚决认为不可以,于是改派兵科给事中朱童蒙前去。等童蒙回来上奏,全面陈述了廷弼的功绩,最后说:“我进入辽地的时候,士民对他垂泪称道,说几十万生灵都因为廷弼一人才得以保存,他的罪怎么能轻易确定呢?只是廷弼最为陛下所信任,蒲河战役中敌人进攻沈阳,他驱马前往救援,胆量是何等壮大;等看到官兵懦弱,就突然告老还乡去了,这样把皇上对他的大恩置于何处了呢?廷弼功在存辽,些微的成绩虽有可称;但罪在辜负了皇上,根据君臣大义而论,他是无法逃脱罪责的。这就是罪浮于功!”熹宗因为廷弼力保危城,仍打算以后起用他。
天启元年(1621),沈阳陷落,应泰死去,朝廷里大臣们又想起了廷弼。给事中郭巩尽力诋毁他,并连及阁臣刘一火景。等到辽阳失守,河西军民全都奔逃而去,自塔山到闾阳方圆二百余里,荒无人烟,京城为之大为震惊。一火景说:“假使廷弼在辽,想来不会弄成这样。”御史江秉谦上书追叙廷弼以前防守辽地的功劳,并且把排挤有功之臣说成郭巩的罪过。熹宗于是对过去弹劾廷弼的人加以治罪,三元、修德、应嘉、郭巩各贬三级,除掉了宗文的官籍。御史刘廷宣论救,也被罢免。于是又下达诏书从家里起用廷弼,并且提拔王化贞为巡抚。
化贞是诸城人,万历四十一年(1613)进士。由户部主事转右参议,分兵驻守在广宁。蒙古炒花等部落酋长乘机想要南侵,化贞安抚他们,他们就不敢再动了。朱童蒙到东北调查回来后,极力说化贞得西部人心,不要轻易调动他,以免坏了安抚蒙古的事。化贞也说辽地战事终将失败,只有发放百万帑金,极力款待蒙古人,那么敌人就有所顾忌,不敢深入了。恰好辽阳、沈阳相继失守,朝廷决定起用廷弼,御史方震孺请给化贞晋级,让他便宜行事,与薛国用一同驻守河西。于是提升化贞为右佥都御史,巡抚广宁。广宁城坐落在弯曲的山头上,登上山可以俯瞰城内,倚仗三岔河为险阻,而三岔河的黄泥洼又水浅可涉。广宁只有一千名弱卒,化贞招集散兵流民,得到万余人。他激励士民的斗志,联络西部的蒙古,当地人心才稍稍安定下来。辽阳刚失守时,国内远近震惊,都以为河西一定没法保住了。化贞率领一支弱军,把守孤城,斗志不减,当时他的声望真是赫然有名。朝廷也认为可以依靠他的才能,便把河西的战事全部交由他来办了。
到六月份,廷弼入朝,首先请停止刚才言官的贬谪,熹宗不同意。又提出分三方布置的策略:广宁用马步兵在河上设立壁垒,凭山川形势打击敌人,牵制敌人的全部兵力;天津、登、莱各港口建置水军船队,乘虚打入敌人南方的驻地,动摇他们的军心,这样敌人势必有内顾之忧,辽阳就可以收复了。于是讨论在登、莱设立巡抚,像天津一样,由陶朗先充任;而山海关特设经略一人,管辖一方,统一事权。于是任用廷弼为兵部尚书,兼右副都御史,驻守山海关,经略辽东军务。廷弼借此请尚方宝剑,请调兵二十余万,以兵马、粮草、器械之类责成户、兵、工三部。请为监军道臣高出、胡嘉栋,督饷郎中傅国昭雪,恢复官职,让他们理事。建议启用辽人原赞画主事刘国缙为登莱招练副使,夔州同知佟卜年为登莱监军佥事,原临洮推官洪敷教为职方主事,军前赞画,用以收拢辽人的心,熹宗都予以批准。七月,廷弼启程时,熹宗特地赐给他一身麒麟服,四枚彩币,设宴于郊外,派文武大臣为他陪酒、饯行,这是少有的礼遇。又派用五千名京营选锋护送他赴任。
在此之前,袁应泰死了,由薛国用代为经略,因病不能干事。化贞于是部署将领,沿河设立六所军营,每营设置参将一人,守备一人,各自画地分守。西平、镇武、柳河、盘山等要害地分别设立防哨。此议报上后,廷弼不以为然,上书说:“河面狭窄不可靠,城堡太小难容驻兵,现在只应牢牢地守住广宁。如果分兵在河上驻守,部队分散力量就弱小了。敌人用轻骑兵偷偷渡过河来,专攻一所营房,我军力量必然不支。一营溃败,其他各营就都会败,西平等地的防哨也不能守住。河边只适于设立游击队,轮番出入,使敌人莫知浅深,不该屯聚一处,给敌人乘隙袭击的机会。”奏章交上后,熹宗下诏表扬了他。恰好御史方震孺也说防河有六条不可靠的地方,化贞的建议就此作罢了。而化贞因为自己的计策未被采纳,恨透了,把军事全推托在廷弼身上。廷弼于是请朝廷警告化贞,不得借口有人节制,坐失战机。此前,四方援辽的军队,化贞全改名号为“平辽”,辽人很不愉快。廷弼说:“辽人又没叛乱,请改为‘平东’或‘征东’,以快慰辽人的心。”从此以后化贞与廷弼有了矛盾,经略、巡抚不和睦的风声也就传起来了。
八月初一,廷弼上书说:“三方面布置的战略的实施,必须联络朝鲜。请抓紧时间派钦差使臣去访问朝鲜的君臣,让他们征发八道的全部兵力,在江面上设立连营,助我军的声威。”并举荐监军副使梁之垣,说他在海滨长大,熟知朝鲜的事情,可以充任钦差使臣。熹宗马上就同意了,并且按照行人奉使的惯例,赐给一品官以示宠信。之垣于是上书提出加强他们的事权、确定自己职责等八条要求,熹宗也都同意了。