面去进犯延安,传庭知道。。州以西、合水以东的三四百里都是荒山深谷,贼兵进去就会自取灭亡,于是亲率标兵从中部阻止贼兵向东跑,传令变蛟在庆阳阻止贼兵向西逃,在三水、淳化之间设下了埋伏。贼兵饿了,出来抢粮食,传庭就高高举起旗帜,打起鼓吹响号角阻击他们,一天一夜马行了二百五十里。贼兵大惊,赶快往西边逃,到职田庄遇上伏兵,战败了,又逃向宝鸡,取道栈道,又中了埋伏,大败,转而进入陇州关山的山路,又被伏兵打击了一回,三次失败,贼兵死掉的不计其数,过天星、混天星都投降了。传庭又在。。州、宁羌一带追赶贼兵,官军冲入敌阵,擒拿了贼首。河南的贼首马进忠、马光玉统率宛、洛一带的贼兵向西部扩散,传庭向他们进攻,贼兵回头逃跑。传庭又在潼关的平原地带埋下伏兵,变蛟把贼兵赶进了埋伏。闯王李自成受到洪承畴追击,丢掉了他的所有人马,只带十八个骑兵突围出去,逃跑了。一时间关中地区的各路盗贼都平定了,这时是崇祯十一年的春天。捷报送上后,庄烈帝非常高兴,首先评定澄城的胜利,命令给传庭加官部衔。嗣昌仍旧阻挠,未予申报。
那个时候,总理熊文灿主张招安,湖广地方的贼首张献忠已经投降,只有河南的贼兵依然如故。罗汝才、马进忠、贺一龙、左金王等十三部西窥潼关,联营几十里。传庭想到“:天下的大盗现在都在这了。我在西面出击,总理在东面出击,贼兵不是投降就是灭亡。这一带的贼兵平定后,天下也就没有贼寇了。献忠即便是伪装投降,心存不轨,也不能怎么样了。”于是就率军东征,在阌乡、灵宝一带的山中把贼兵打得大败,从他们的营地中间从西向东锳了一回,又从东往西锳。贼兵困窘得很,拿文灿招降他们的亲笔指示上交给传庭看,说短时间内将归降。传庭说“:你们天天到熊先生那里说接受招安,可是又天天不停地攻打城堡,屠杀村寨,这是假投降。如果真想投降,就放下武器过来投降,再说空话就不是真心投降了,我明天就要进兵了!”第二天传庭统兵而出,在进军途中接到文灿的檄文说“:不要忌妒我招安贼兵的功劳!”又往前走,收到了兵部尚书嗣昌的手信,也是这么说。传庭闷闷不乐地撤兵回来了。但是贼兵最终还是不接受招安,反而转移过去窥视商州、雒南。文灿后悔了,约传庭出兵夹击。传庭手下的官员王文清三战三胜,打败了贼兵,贼兵逃往内乡、淅川去了。
传庭在屡建大功之后,他手下的将校几次得到诏令进行了封赏,嗣昌却坚决压制他,不为他奏请。传庭恳请他把自己提上部籍,嗣昌说:“等等吧!”十月,京师戒严,朝廷召传庭及承畴入卫京师,提升传庭为兵部右侍郎兼右佥都御史,接替总督卢象升统率从各地来的援军,赐给他尚方宝剑。这时传庭统兵来到京城近郊,与嗣昌不和,又跟宦官高起潜发生冲撞,庄烈帝传下圣旨严厉批评了他,不让他进城朝见。承畴来了以后,嗣昌到郊外慰劳,又命令他觐见皇上,传庭对此不能不感到失望。不久,嗣昌任用承畴为蓟门总督,想把来增援京师的陕西部队都留下来守护蓟门、辽东。传庭说:“陕西部队不能留,留在这边,那边贼寇的势焰便会扩张,无益于边防,这简直是为贼寇撤走敌人。陕西士兵的妻子、子女都在陕西,他们天天把杀贼当作自己的利益,长期留在边疆,不是起哄就是逃跑,不能再为我们所用,就一定为贼寇所用,这简直是逼迫良民去当贼兵。这是有关国家安危的重要一环,不能不加考虑。”嗣昌不听,传庭争执不下,心中不胜郁郁,耳朵就聋了。
传庭刚接受任命时上书讲过“:近年来封疆的事务乱成一团,原因在于谋划差错。事情结束后,我想给陛下当面把国家大事商定一下。”第二年,庄烈帝改派传庭去总督保定、山东、河南军务。京师解严以后,传庭上书请求朝见,嗣昌大为吃惊,以为传庭要扳倒自己,就喝令过来的仆人把奏疏带回去还给传庭。传庭恼火了,就上书称病,请求离任,嗣昌又弹劾他假称生病,并不是真聋。庄烈帝恼了,把传庭罢官为民,又交巡抚杨一亻隽核实真伪。一亻隽奏称“传庭真的聋了,不是说假。”庄烈帝连一亻隽一起关进监狱。传庭被长期关押,等候处理。满朝大臣都知道他的冤枉,但没人说话。
传庭在狱中关了三年,文灿、嗣昌相继败灭。可是这时闯王李自成已经打下河南,进犯开封,活捉了宗龙,杀掉了唐王,官军分崩离析,贼寇更加凶猛了。庄烈帝想到了传庭讲过的话,朝臣中推荐传庭的人也越来越多了。