因作战失利被免去官职,不久又恢复原来的职务。大统十三年(547),他晋封为中山公,十五年(550),迁任大将军。他与于谨征讨江陵,率军直至江陵城下。等待大军到来后,包围江陵,一举攻克。归来后,他又率军讨平了襄阳的蛮族首领向天保等一万多人。朝廷刚实行文官制度,他被封为小司空。
宇文泰西巡,行至牵屯山患病,派人召宇文护到泾州。他见到宇文泰,宇文泰对他说:“我的病情这个样子,一定难于恢复,我的儿子都年纪幼小,天下的事情就交给你管理。”他哭着接受了叔父的命令。行至云阳,宇文泰驾崩,宇文护护送他的遗体到长安后才发丧。这时,接替周文帝事业的儿子年纪尚小,强敌压境,人心浮动。宇文护总揽朝廷内外,抚慰文武大臣,人心才稳定下来。早先,宇文泰经常说“:我得胡力。”当时人们不晓得所指何人,这时,人们理解为“护”字。不久,朝廷封他为柱国。宇文泰安葬完毕,宇文护认为天命归周,讽劝西魏天子禅让。北周孝闵帝宇文觉即皇帝位,封他为晋国公,食邑一万户。赵贵、独孤信等人密谋袭击他,他利用赵贵入朝的机会将其抓获,赵贵的同党都被诛灭。朝廷封他为大冢宰。
这时,司会李植、军司马孙恒等秘密勾结宫伯乙佛凤、张光洛、贺拔提、元进等心腹,游说闵帝,说宇文护不遵守大臣的礼节,应该除掉他。闵帝同意了,多次率武士在后园,作出要抓捕他的架势。宇文护多少知道了有关的消息,调李植任梁州刺史,孙恒为潼州刺史,想遏止他们的阴谋。后来,闵帝想念李植等人,常想召见他们,宇文护便谏止说:“天下最亲密的,都不超过兄弟。如果兄弟之间互相猜疑,别的人怎么可以亲近呢?只恐怕将我除掉后,奸佞们的目的便可以达到。不仅对陛下您不利,也会危害国家。”说着便哭了起来,过了很久才停止。闵帝对他仍然猜忌,乙佛凤等人越发畏惧,密谋得更加频繁,近日就要将他除掉。张光洛向他告密,他便召集柱国贺兰祥、小司马尉迟纲等人,把乙佛凤的阴谋告诉了他们。贺兰祥等都劝他废掉闵帝。这时,尉迟纲统领着禁军,宇文护便派他到宫中以议事的名义召见了乙佛凤等人,将他们一个个抓获,送到宇文护的家里。解散宿卫兵,派贺兰祥逼迫闵帝退位,将他囚禁在他原来住的官邸。
于是,宇文护把公卿大臣召集到自己家中,他对大家说:“先王为王业辛劳了三十多年,天下的贼寇还未平定,就已去世。我就像他的儿子,临终前他将朝廷大事托付给我。因为略阳公宇文觉是正出的长子,所以,我与诸位一起拥立他称帝,革去魏国,建立大周,他成为天下的君主。但是,他自即位以来,荒淫无度,亲近一群邪恶小人,疏远和猜忌骨肉兄弟,想把重要的大臣将领都杀掉。如果这个阴谋得逞,国家必然被颠覆。我如果死掉,有什么面目到地下去见先王!今天,我宁负略阳公,也不能有负天下!宁都公宇文毓年轻有为,道德卓异,仁孝慈爱,现在我想废去昏庸,拥立圣明,你们认为怎么样?”朝臣们都说“:这是您家里的事情,我们敢不惟命是听!”于是,将乙佛凤等人在门外斩首,并诛杀李植、孙恒。不久杀掉闵帝,从岐州迎回明帝,立他为帝。
第二年,朝廷封宇文护为太师,赐给他路车和冕服,封他的儿子宇文至为崇业郡公。这时将雍州刺史改为牧,也让他担任。还赐给他许多钟磬一类的乐器。
武成元年(559),宇文护上表请求归政给天子。明帝同意,但军队的事情还委托给他负责。明帝聪明睿智,有见识和度量,宇文护很害怕他。有一个叫李安的人,因烹饪手艺好被宇文护宠爱,宇文护将他提拔为膳部下大夫。这时,宇文护命他在送给明帝的饭菜中加上毒药,明帝吃后去世。宇文护又立武帝宇文邕为帝,朝廷百官都听从他的指挥。
自从周文帝宇文泰任西魏丞相,建立左右十二军,归丞相府统领。宇文泰去世后,这些军队都由宇文护管辖,凡是有征发调动,非得有他的文书才行,他屯兵在京城,分布在皇宫各处。朝廷事情不论大小,都由他先行决断,再奏闻天子。保定元年(561),朝廷命他为都督中外诸军事,太傅、太尉、司徒、司空、大将军都由宰相统管。有巴结奉迎宇文护的,说周公德高望重,鲁国建立了周文王的庙。把宇文护比为周公,提出也应该采用这个礼仪。于是,朝廷下诏在同州晋国相继建立德皇帝的庙宇,命宇文护祭祀。保定三年,朝廷下诏从今以后朝廷的诏书文诰以及各部司的文书里面,都不得直接称宇文护的名字,以表示对他特殊的礼遇。他上表坚决推让。开初,宇文泰创业时与突厥实行和亲,想互为犄角,共同打败高欢。这一年,宇文护派柱国杨忠联合突厥东伐北齐,攻破齐的长城,到达并州还师,准备后年再举进攻,以南北呼应,夹击齐军。北齐天子大为恐惧。