模仿他的祖先查士丁尼一世，渴望继续开创大业。他有野心、有魄力，但是，他的专横和任性最终却使他失去了民心。

查士丁尼二世继位之初，东方边境的形势很好，阿拉伯帝国因为穆阿维叶病逝，叶齐德一世刚刚继位，要镇压内部叛乱，双方实现了短暂的贺平，甚至表示愿意交纳贡品，与拜占廷和平相处。

这样，查士丁尼二世就可以把精力放在巴尔干半岛上。他先是下令对斯拉夫人居住的地区发动大规模进攻，夺回了被斯拉夫人占领的萨洛尼卡，还迫使他们向拜占廷俯首称臣。然后，他又把斯拉夫人大批地向东边移民，让他们到小亚细亚一些被战争破坏的地区，恢复那里的生产，发展经济，巩固国防。

查士丁尼的移民政策不仅强加于斯拉夫人，同时也强加于居住在叙利亚边境的马尔代特人。

马尔代特人世代居住在大山里，对各处山隘险要了如指掌，作战勇敢，经常帮助拜占廷抵御入侵的阿拉伯人。当阿拉伯与拜占廷议和之后，查士丁尼二世便自作主张地将这些山民迁往内地和沿海，他甚至还不惜触怒大唐，把一大批塞浦路斯岛上的居民强行迁到基齐库斯附近，建立新城。

他将新城命名为查士丁尼城，这样一来，使得许多塞浦路斯城镇荒废，塞浦路斯岛上的大批居民不愿离开故土家园，在迁徙中纷纷逃亡。

毕竟在大唐统治的塞浦路斯岛上，他们享受着和大唐百姓一样的权利，这份权利对他们来说是难能可贵的，岂能就这么白白的放弃。

可当时大唐因为李承乾染病，杜睿出征澳洲大陆，根本就无暇顾及塞浦路斯岛，镇守在波斯都护府的苏麟也不想过分激化和拜占庭帝国的矛盾，只能将这件事忍耐了下来。

查士丁尼二世的移民政策虽然是出于国家利益的考虑，却给这些地区的人民造成巨大的灾难，这使他丧失了民心，最重要的是计划了和大唐的矛盾，让他们急需的流动之火的货源都险些断了。

当叶齐德一世解决了侯赛因的叛乱，再次发动对拜占庭帝国的进攻之时，尽管查士丁尼二世御驾亲征，却仍一败涂地。斯拉夫军人集体叛变，投奔到阿拉伯方面，成为阿拉伯军队的重要力量，查士丁尼二世侥幸得以逃脱。

在宗教方面，他也采取了与罗马教皇对抗的政策，甚至下令派人到罗马城去拘捕教皇圣塞吉阿斯一世到君士但丁堡来受审，这一做法激怒了西方民族，罗马的民兵和拉温那的民众积极行动起来保护教皇，查士丁尼二世的特使无处藏身，只得跑到教皇宫中乞求饶命。

由于查上丁尼二世刚愎自用、暴躁易怒的性格，做了许多危害贵族和人民利益的事，使他自己四面树敌。而他身边的两位近臣斯蒂芬和塞奥多布斯更是为虎作伥、残忍贪婪，对于心怀不满的人一概采取无情的镇压态度，监牢里关满了各类“人犯”，其中也确有企图策划谋反的政治犯。曾经在征服亚美利亚战争中立下赫赫战功的莱昂提图斯也因“图谋不轨”的罪名，被关押了起来，他对查士丁尼恨之入骨，发誓要寻机报复。

后来由于军事上的需要，查士丁尼二世释放了莱昂提图斯，并重新起用他。这对莱昂提图斯来说是复仇的好机会。

莱昂提图斯在希腊军区起兵，打出造反的大旗，民众纷纷响应，大军攻下君士坦丁堡，迫使查士丁尼二世宣布退位。