后来约在秀吉三十八岁时，他又从织田家的大老丹羽长秀与柴田胜家两人的姓中各取一字，改姓为羽柴。永禄九（1566）年九月，当织田信长攻打的斋藤氏时，织田军最重要的战术工作就是于墨保（现岐阜县安八郡）建筑堡垒。织田信长派遣三分之二的军队去建筑堡垒，剩下的三分之一用来防卫敌人的攻击。这建筑堡垒的工作就由秀吉来负责。

此时秀吉心中应早有胜算。因为明智光秀背负着反叛主君的罪名，事实上连光秀以为一定会来援助他的细川父都剃掉发，与他绝。表面上看起来，明智光秀似乎太过盲动了，其实本能寺之变时，织田信长的主要将都在远方与敌作战，而织田信长最忠实的盟友…德川家康也正在京都大阪观光，几乎不带一兵一卒。

此时正好是本能寺之变得第二天。秀吉知此事后大吃一惊，同时他也预到他的一生的命运将会有大的转变羽柴秀吉不敢张扬此事，翌日（4日）立刻与利军的松城城主清宗治达成和谈协议。６月５日清晨，秀吉从松城撤退，挥兵讨伐明智光秀。秀吉的军队在滂沱大雨中，日以继夜的行军，奔驰了约一百零八公里的路途，终于在七日的傍晚抵达自己的居城…姬路城。

的能与勤奋受到同事的嫉妒，一大群人经常在嘉兵卫的面前中伤秀吉，尽嘉兵卫再三保护他，但阻止不了众人的诽谤，终于在嘉兵卫善意的说明原委之后遭到解雇。秀吉在松下嘉兵卫家里工作四年，虽然遭受解雇，但是他仍然谢嘉兵卫对他的提与呵护。后来，丰臣秀吉称霸天下之后，他派人去寻找松下嘉兵卫，在远江国久能地方赐给他三万一千石的领地，并任他为大名（诸侯）。

回到尾张之后，秀吉想尽办法接近织田信长。在织田家中，他的第一份工作仍是替信长拿拖鞋。虽然同样是拿拖鞋的工作，但秀吉比从前更加用心。譬如说在寒冬的清晨，他将信长的拖鞋放怀里温，信长对于这用心当然会有所回报。在六年后，也就是永禄二（1560）年，织田信长在桶狭间发动奇袭，打倒今川义元，一跃而成为天下名的武将。

秀吉一回到姬路城，立刻澡池里泡澡。他在澡池里面，发布兵的顺序，并命令将城中所有的资金与兵粮完全分发给将士，毫不保留。从这里可以看，羽柴秀吉为了这一战，将他一生的命运孤注一掷。

此时，秀吉担任杂采购官，发挥了开源节的长才，他将支减少了三分之二，当清州城城墙破损而没钱修理时，他又遂自担任营缮官，将城墙修补完毕。就在桶狭间之战的那一年，秀吉与织田家的浅野又左卫门长胜的养女…（后来尊称为北政所）结婚。由于他是从步兵之赘于武士之家，所以改名为藤吉郎，另一名字为秀吉。此时秀吉二十五岁。

秀吉先将建筑堡垒的木材运往木曾川的上游，然后用木筏沿着河运送下来。建材运到之后，才二、三天，堡垒就建好了。之后，秀吉又建议借用当地土豪的野武士力量，夜袭敌阵，结果获得大胜。这次大捷，秀吉成为信长麾下的一名大将。

因此明智光秀举兵叛变得时机并没有错误，只是他的运气太差了，真可谓人算不如天算。现代日语中，有“天王山”一词，意为决定胜负

1582年６月２日拂晓，明智光秀举兵叛变，织田信长在本能寺自杀亡。这一个事件改变了秀吉的命运。据《川角太阁记》的记载，明智光秀在事变之后，立刻派密使去向利氏报告。没想到这密使在暗夜中迷失方向，误羽柴秀吉的兵营中。