第三是双方合作的可能，叶枫表达了自己对中国未来的展望和政治态度，旧朝必须推翻，但不是由太平天国某个人当皇帝，而是建立一个新式的共和国家“在国家于内忧外患的情况下，当团结一切可以团结的力量，打倒主要的敌人，建立新式政权，复兴中华，而不是重复一家一姓之天下，兴亡盛衰之回”如果石达开能够认同，双方可以展开合作，叶枫将帮助石达开攻取福建，建立据地。

在石达开的回信中，叶枫惊讶地发现，自己提的前面两个问题，石达开早已经认识到，他说“余攻闽浙，本建闽浙据地，期与天京连成一片，夹攻江南大营，奈何成为空谈。今将取福建，君若能相助，当亲往台岛共商大计。”

对于第二个问题，石达开不愿意公开与天朝分裂，一是这样会伤了手下老太平军战士的情，他自己不到万不得已，也不愿意这样；另外，他还担心自己这样了，会成为很不好的先例，损害天国大业，但是他对于叶枫提的一些治理主张，表现很厚的兴趣“当勉力一试”

随即，华尔那边也和石达开联系上，据华尔送回的信件，石达开正在从浙江撤军，似有退往福建的迹象。

兵备是台湾最军事长官，掌台湾陆各营数千军队，由于此前地小刀会起义，以及下闽浙战事，有战斗力的军队和将领已经悉数调往福建，留在台湾的不过是些守地杂兵，不堪大用。

徐荣村没有解释，也来不及解释，他也看刚才的形势不对，连忙赶回去，只看到叶枫正微笑着与林振皋在说话，林守备很谦卑地：“大人现在执掌台湾军事，下官一切唯大人之命是从。”

备怎么当地，居然让国人拿洋枪给对着，扎家这是九死一生啊。”

七月中旬，福建方面传来消息，清廷终于起复曾国藩，与此同时，福建前线的战事也突然安静下来，李世贤停止了对福建的攻击。

本来这些军队的定位就是对内防范盗匪，叶枫则彻底让他们变成防盗队，至于当地的匪患，以兵备名义行招抚，不肯就范的，调用新军在练兵的过程中予以征剿，在平灭匪患的同时，也锻炼军队，起到实战作用。

台湾实行班兵制，大分军队都是从大陆遣戍而来，只有少分是当地人，叶枫以调锐整训的名义，将其中的当地人和分大陆士兵组成一个五百人的新营行训练，并新募士兵五百人，与原本的护卫队组成新军，共计四个新营，两千余人。新营以外其它军队的任务是行治安和巡查，也不指望他们有多大的战斗力。

其次是和天朝的关系，石达开在与洪秀全分裂以后，并没有公开表明独立的态度，还是奉太平天国的旗号和官爵，叶枫认为，这会弱化他对军队的控制力，如果军事行动一旦不顺，很可能分崩离析。

叶枫名正言顺拥有台湾各军地指挥权，加上大分有能力、有权势的将领都已经被调往福建，留下来的大多是林振皋这一类缺少取望，无论是能力还是声望都显不足的弱势军官，这使叶枫对军队的整编非常顺利。

华尔向石达开转送了叶枫的信函，叶枫在信中主要是向石达开提三个问题：首先据地问题，叶枫认为石达开的军队要逐步发展壮大，必须建立自己的据地，辎重和士兵才能有保证，而不能像寇一样，打一把就走。

孔昭慈在病榻上等待消息，没想到等来的却得到了朝廷的申斥，说他为台湾兵备不知掌兵，导致国军队登陆笼，差害死上差命，罢免他台湾知府，回家思过，同时任命叶枫兼台湾知府，从此，叶枫集台湾军政大权于一，全面开启台湾岛的垦和开发，实现自己计划的第一步。

孔昭慈被叶枫气得昏迷，醒来后长途跋涉回到府治，病情更加中，他向福建巡抚、闽浙总督报告叶枫的情况，正逢石达开从浙江撤军，猛攻福建，自然无暇理这样的事情。

“不行，一定

石达开在征战安徽、江西的时候，就比较注重占领区的建设，颇有些成效，曾国藩等人说石达开是收买人心，便证明石达开是了些得人心的事情，他来信所表达的态度也得叶枫赞赏。是该行动的时候了！

个消息告诉皇上，”那个太监上了船，又着上荣村目瞪呆，敢情以为那些护卫队是洋兵，以为洋兵打笼，被吓跑了啊！