。洪承畴总督三边军务。二十六日,太监张彝宪总理户、工二部钱粮,给事中宋可久等相继进谏,皇帝不听。二十七日,山海总兵官宋伟等救援大凌,但才到长山就遭到失败,监军太仆少卿张春被捉拿。
十月一日,有日食。二十八日,祖大寿杀副将何可纲。二十九日,祖大寿从大凌脱身而归,进入锦州。十一月十七日,太监李奇茂监视陕西茶马,吴直监视登岛兵粮、海禁。文武百官合力奏书进谏,皇帝不听。二十三日,孙承宗辞官退职。二十四日,在文华殿召对廷臣,多次询问军国事务,言语涉及内臣,皇帝说:“各位大臣若是诚心做好份内之事,朕又何需此辈。”三十日,流贼罗汝才侵犯山西。闰十一月二十六日,陕西降贼再次反叛,攻陷甘泉,杀参政张允登。二十八日,登州游击孔有德率师增援辽州,到吴桥反叛,攻陷陵县,接连攻陷临邑、商河、齐东,屠杀新城军民。十二月八日,济南官军在阮城店与流贼相战,官军溃败。九日,因大陵筑城引起事端,削夺孙承宗官职。这年冬天,延安、庆阳降大雪,百姓饥荒,盗贼趁机大肆作乱。
崇祯五年(1632)正月三日,孔有德攻陷登州,游击陈良谟战死,总兵官张可大死。巡抚都御史孙元化、副使宋光兰等被捉,不久放回。十三日,孔有德攻陷黄县。二十八日,总兵官杨御蕃、王洪率兵攻打孔有德,在新城镇失败。二月一日,孔有德围攻莱州,巡抚都御史徐从治誓死固守。十三日,孔有德攻陷平度。三月五日,兵部侍郎刘宇烈领导并监督山东军务,征讨孔有德。
四月七日,刘宇烈在沙河失败。十六日,徐从治受伤而死。这月,总兵官曹文诏、杨嘉谟连续在陇安、静宁打败孔贼。流贼逃奔到水落城,平凉、庄狼平民跟着逃去,贼势更加壮大。五月九日,参政朱大典为佥都御史,巡抚山东。十四日,礼部尚书郑以伟、徐光启一同兼任东阁大学士,参与机要事务。六月,京师下大雨。六日,孟津黄河决堤。
七月五日,太监曹化淳领导京师军政事务。七日,孔有德假装投降,引诱擒捉登莱巡抚都御史谢琏,莱州知府朱万年死。二十三日,孙元化被丢尸弃市,逮捕刘宇烈下狱,遣送戍边。八月九日,洪承畴在甘泉打败流贼。首领白广恩投降。十九日,朱大典领导援军救援莱州,前锋参将祖宽在沙河打败流贼。二十日,莱州解围。二十八日,官军在黄县大败孔有德,进而围困登州。九月二日,海盗刘香侵犯福建。这年秋天,陕西流贼进入山西,连续攻陷大宁、泽州、寿阳,其余部分从黄河以北侵犯怀宁,攻陷修武。
十一月四日,刘香侵犯浙江。
崇祯六年(1633)正月十一日,曹文诏节制山西、陕西诸将征讨流贼。十五日,副将左良玉在涉县攻破盗贼军,流贼逃入林县山林中,饥民争先恐后跟着逃往山中。二十八日,派使者分别监督直隶欠交赋税。当月,曹文诏多次打败山西流贼。二月十日,左副都御史王志道被革职。十一日,流贼侵犯畿南。二十六日,总兵官陈洪范等攻克登州水城。二十九日,孔有德逃到海上,山东平定下来。三月二日,命令曹文诏等将在三个月之内平定流贼。
四月八日,免延安、庆阳、平凉新旧辽饷。十一日,总兵官邓王巳、左良玉征剿河南盗贼。五月十四日,太监陈大金等分别监督曹文诏、张应昌、左良玉、邓王巳军队。二十一日,孔有德及其党徒耿仲明等航海向大清兵投降。二十二日,河套部侵犯宁夏,总兵官贺虎臣战死。六月初一日,太监高起潜监视宁、锦兵饷。五日,郑以伟死。二十日,周延儒辞官退职。二十四日,延绥副将李卑增兵征剿河南。三十日,太监张彝宪请求催促拖欠赋税一千七百余万石,给事中范淑泰进谏,皇帝不听。
七月十四日,大清兵夺取旅顺,总兵官黄龙死。二十三日,改曹文诏镇守大同,山西巡抚都御史许鼎臣请求留曹文诏征剿流贼,没得到允许。八月十日,曹文诏相继在济源、怀庆打败流贼。九月二十一日,南京礼部侍郎钱士升为礼部尚书兼东阁大学士,参与国家机密大事。