下诏各镇星夜兼程赴京救援。十七日,大清兵进入昌平,巡关御史王肇坤战死。二十日,巡抚陕西都御史孙传庭在銩稨捉拿流贼首领高迎祥,押送京师杀害。二十一日,告诉廷臣帮助军饷。二十二日,兵部尚书张凤翼领导援军,高起潜为总监。这月,大清兵进入宝坻,接连攻克近畿州县。八月二日,收集勋戚文武诸臣马匹。二十四日,卢象升入京救援,临时驻扎真定。二十五日,唐王朱聿键起兵救援京师,勒令其回到封国,不久废为庶人。本月,大清兵出塞。九月二十日,改用卢象升总督宣府、大同、山西军务。
十月四日,工部侍郎刘宗周因谈论内臣及大学士温体仁被革职。十三日,张献忠侵犯襄阳。二十五日,命令开银、铁、铜、铅各矿。十一月七日,减免山东五年以前欠交赋税。十二月,大清兵出征朝鲜。
当年,洪承畴在陇州打败李自成,李自成逃往庆阳、凤翔一带。暹罗入朝进贡。
崇祯十年(1637)正月初一日,有日食。六日,老回回诸贼直趋长江以北,张献忠、罗汝才从襄阳侵犯安庆,南京大为震慑。二月四日,派使者监督直隶省欠交赋税。二十七日,贼军进攻潜山,被总兵官左良玉、副使史可法在枫香驿打败。这月,朝鲜向大清兵投降。三月十二日,赈救陕西灾害。十八日,赐刘同升等进士及第、出身各有差别。二十五日,官军救援安庆,在丰家店惨遭失败。
四月九日,大清兵攻克皮岛,副总兵金日观奋力战死,总兵官沈冬魁败走石城岛。二十四日,天旱,清理刑狱。本月,洪承畴在汉水以南征剿流贼。闰四月四日,命令群臣自己廉洁,爱护平民,以使上天回心转意。长江以北流贼分别侵犯河南,总督两广都御史熊文灿为兵部尚书,总理南京、河南、山西、陕西、四川、湖广军务,驻兵郧阳征讨流贼。五月十一日,李自成从秦州侵犯四川。六月十一日,温体仁辞官退职。当年夏天,两畿、山西大旱。
七月,山东、河南蝗灾,平民饥荒。八月十四日,吏部侍郎刘宇亮、礼部侍郎傅冠均为礼部尚书,佥都御史薛国观为礼部侍郎,一同兼东阁大学士,参与机要事务。二十五日,检查城防情况。九月十一日,左良玉在虹县打败流贼。二十六日,洪承畴在汉中打败流贼。二十八日,李自成攻陷宁羌。
十月二日,李自成从七盘关进入西川。八日,攻陷昭北、剑州、梓潼,分兵直趋潼川、江油、绵州,总兵官侯良柱战死,于是攻克彰明、盐亭各县。十六日,逼近成都。十一月十六日,因星宿变化命令修身反省,要求讲直话。十二月九日,黄士俊辞官退职。二十九日,洪承畴、曹变蛟增援四川,住于广元。
这年,安南、琉球入朝进贡。
崇祯十一年(1638)正月十三日,洪承畴在梓潼打败李自成,李自成回师陕西。二十三日,裁减南京多余官员。二月十日,改河南巡按都御史张任学为总兵官。三月十五日,贺逢圣辞官退职。这月,李自成从洮州出番地,被总兵官曹变蛟追击失败,李自成再次入塞。率军到西和、礼县。
四月八日,张献忠在谷城假装投降,熊文灿受降。十五日,张至发辞官退职。十六日,火星逆向行驶,告诉廷臣修身反省。五月初一日,在中左门策试考选官。六月二日,安民厂发生灾害,城垣被毁坏,万余人受伤。十一日,孔贞运辞官退职。二十四日,兵部尚书杨嗣昌、户部尚书程国祥、礼部侍郎方逢年、工部侍郎蔡国用均为礼部尚书,大理少卿范复粹为礼部侍郎,一同兼东阁大学士,参与机要事务。杨嗣昌仍然掌管兵部。这月,两畿、山东、河南大旱,起蝗虫。