被贬职任湖广驿丞。
天顺初年,经御史练纲推荐,升为雄县知县,奉御使杜坚肆意残暴地捕捉天鹅,秦纮杖责其随从,获罪被关进诏狱。百姓五千人到皇宫前的楼台前为他辩冤,就调任他任府谷知县。宪宗即位,升葭州知州,调任秦州,母丧离官,州人请求留住秦纮,秦纮服满回任旧职。不久提升为巩县知府,调换到西安,升为陕西右参政。岷州少数民族叛乱,他率领三千人将其击败,增加一级俸禄。
成化十三年(1477),提升为右佥都御史,巡抚山西,奏告镇国将军奇涧等罪行,奇涧父亲庆成王奇钟镒上奏章为儿辩护,并且诬陷秦纮。宪宗难违庆成王的意愿,将秦纮逮捕交法司处理,事情查无证据。而内宫尚亨抄秦纮的家,将仅得几件破旧衣服等事奏告皇帝,宪宗叹息地说“:秦纮清贫竟到如此地步吗?”赐秦纮万贯纸币嘉奖。于是削去奇涧等三人爵位,庆成王也减去三分之一的俸禄,而改秦纮巡抚河南,不久又调任宣府。
蒙古小王子部数万骑兵入侵大同,长驱直入顺圣川,劫掠宣府地区。秦纮与总兵官周玉等举兵阻击,小王子被打败逃走。不久劫掠兴宁口,秦纮等又与之接连交战,敌人退去,追还其所抢掠的物资,宪宗下玺书慰劳。升他为左佥都御史,巡抚如故。没过多久,召回任理院事,调升户部右侍郎。万安赶走尹。。,诬陷秦纮与尹。。同党,降秦纮为广西右参政。秦纮后升为福建左布政使。
弘治元年(1488),由王恕推荐,提升为左副都御史,监督漕运。第二年三月升右都御史,总督两广军务,他奏道“:宦官、武将统领,镇守两广的,都纵容家臣骚扰商贾,以私家仆人身份,擅自干涉公事,残杀无辜,勾结土官以求得到好处。而天下镇守官都擅自掌握军队职责,接受民间诉讼,这些与制度不符,请严加禁绝。总镇府原有赏功所,每年积储金钱数万,花费无法度,应听从都御史考核。广州、潮州、南雄、韶州有很多盗贼,应该设立社学,编制保甲,以此断绝盗贼之源。”孝宗全都允准。恩城知州岑钦进攻田州,赶走田州知府岑溥,与泗城知州岑应分据其地,秦纮带兵进入田州赶跑岑钦,岑溥返回知府,秦纮留官军驻守,内乱平定。又遣将征讨平息了黎族叛乱者陵水、瑶族叛乱者德庆。
秦纮刚赴镇守任时,就弹劾总兵官安远侯柳景贪婪残暴,将其逮捕下狱。柳景也揭发秦纮,经调查无佐证,司法部门判柳景死罪。柳景与周太后家连姻,有得力的靠山,不停地攻击秦纮,朝廷下诏连秦纮一并逮捕,经审讯终究无罪。下诏宽免柳景死罪,削爵闲住,而秦纮也免官归乡。大臣王恕等请求留下秦纮,孝宗并不采纳。朝臣又接连上奏章说秦纮有大可用之处。过数月,起用为南京户部尚书。十一年(1498),因病离职。
十四年(1501)秋,敌寇大肆进攻花马池,在孔霸沟打败官军,直抵平凉。有人说秦纮有威名,虽然年老但仍可任用。朝廷下诏起任他为户部尚书兼右副都御史,统领三边军务。秦纮急驰到固原,巡行战败的地方,亲自祭奠阵亡将士,掩埋其尸骨。奏报记载为国捐躯指挥朱鼎等五人,抚恤战死者的家属,弹劾处置败将杨琳等四人的罪,更换守将。选择壮士、兴屯田,再次申明号令,军威大振。
当初,敌寇未进入河套,平凉、固原均处内地无忧患。自孛来定居放牧后,固原为军事要冲,是平凉、庆阳、临洮、巩昌的门户,而城市狭隘民众困穷,兵力单弱,商贩不来,秦纮就扩展城郭,招来商贾,建议改为州,而自己留下调度管束。向朝廷奏道:“固原主、客兵只有一万八千人,分守二十四个城堡,势分力弱,应该增兵。旧临洮、巩昌、秦州诸军每年要赴甘州、凉州设防。而其他地方如有战事,又从甘州、凉州调兵,或是派京军征讨。京师是国家的根本,边将手握重兵,而一遇有事总是动用京军,这不是强干弱枝之道。请求自今后京兵毋随便派遣,临洮、巩昌、甘州、凉州诸军也应该各还本镇,只选通晓军事的老将一二人各守其地,人以军队为家,军队服从将领的命令,心情愉快地服兵役,这样就有战斗力,计划就能实行。”