击他们。敌贼的巢穴有两处险隘，敌贼在其中一处埋有伏兵，让熟瑶欺骗官兵从这里攻入。沈希仪估计到敌贼有诈，急从另一险隘直抵贼寇的巢穴。敌贼仓促回救，于是被沈希仪大举攻破。荔浦敌贼八千人渡江到东方抢掠，沈希仪率领五百人驻扎在北面寨，等待敌贼归来。北面寨距蛟龙、滑石两滩各有数里。沈希仪因滑石滩狭窄，即使部队众多仍可进击，蛟龙滩宽广，渡过去也难于歼敌，想将敌贼引诱到滑石滩。于是在蛟龙滩树起百旗，用弱兵守住，燃烧柴禾来惑乱敌人。敌贼果然趋向滑石滩。沈希仪预先用小舰载劲卒埋伏在葭苇之中。敌贼渡过一半，乘急流冲之，两岸军兵鼓噪上前，敌贼众多人坠入水中淹死，沈希仪收获他们所掠抢的东西回来。沈希仪随从副总兵张。。连破临桂、灌阳、古田的敌贼。他被晋升为署都督指挥同知，掌管都司事。

嘉靖五年(1526)，总督姚镆准备征讨田州岑猛。他用沈希仪的计谋，离间岑猛的岳丈归顺和土酋岑璋的关系，而分兵五哨进击。沈希仪带领中哨。挡住工尧。工尧是敌贼的要地，他们聚众守卫这个地方。沈希仪夜间派遣军兵三百人，缘山而上，绕出其背。等到第二天会战，所派遣的士兵已在山巅树立旗帜，敌贼被打得大败。岑猛逃跑到归顺那里，被岑璋捉住，田州于是平定。沈希仪的功最大，姚镆压抑他的功劳，只是受到赏赐。姚镆建议设立流官，沈希仪说：“思恩因流官的缘故，祸乱到现在还没有停止。田州又设立流官，两处之敌贼将会合起来作乱。”姚镆不听从他的话。以沈希仪任右参将，分守思恩和田州。沈希仪请求回乡整束行装，用参将张经代守。刚刚一个月，田州又发生叛乱，姚镆被罢去官职而回到家乡。王守仁代替姚镆的官位，王守仁多用沈希仪的计策，思恩和田州又被平定。

沈希仪改任右江柳庆参将，驻扎在柳州。象州、武宣、融县瑶民造反，沈希仪出兵征讨攻破。他因病回到家乡，不久又回到原任。柳州在万山之中，城外五里之处就是敌贼的巢穴，军民已到无地可耕的地步，而官军向来不能胜任战斗。又加上敌贼耳目遍官府，对官府里的事情动静无所不知。沈希仪说要想大破敌贼，非用狼兵不可，向制府请求这件事。调那地的狼兵二千人来，守戍之兵才稍有振作。又寻找到与瑶通贸易商贩的有几十人，抓住他们犯罪根据而厚抚他们，让他们刺探敌贼。这样敌贼的动向，沈希仪也无所不知。沈希仪每次出兵，虽然是肘腋亲近的人，也不告诉他们去向。到期鸣号，则诸军都集合起来。令一人挟旗带领诸军行军，不让他们测知到哪里去。等到驻军设立埋伏，敌贼必定到达，敌贼遇到埋伏总是逃奔。官军攻击他们，总是能取得预期的胜利。之后，敌贼侵犯其他地方，官军又比他们先到达。远村僻地，敌贼估计是官军不能到达的地方，前往侵犯，官军又未尝不在，敌贼惊服他是神人。沈希仪获得的贼巢妇女牲畜财产，果真是邻巢的都归还他们，只取暗中帮助敌贼之人的东西。诸瑶全部恐惧降伏，不敢响应敌贼。

沈希仪初到，令熟瑶能够出入城中，无所禁忌。厚赏瑶人中的智黠之人，让他们做间谍。后来逐渐让瑶妇进入到官府和她们的丈夫见面，并赐给她们酒食布帛。这些瑶妇的丈夫经常告诉他敌情，则暗中厚赏。诸瑶妇贪爱赏赐，争相劝说自己的丈夫偷告敌情，或者亲自入沈希仪府中说明敌贼情况。正因为这个原因，敌贼更加没有地方隐藏匿形。沈希仪每于风雨晦黑的夜晚，侦察敌贼住宿停顿的地方，分别派遣人携带火铳潜伏在舍旁。半夜发铳，敌贼大骇说：“老沈来了！”都携带妻氏儿女匍匐上山。儿啼女号，有的因寒冻触岩石而死，有的后悔当贼寇不是好办法。到天明后下山，又寂静而没有人声。其他巢穴也遇到同样的情况，贼众更加惊恐。暗中派遣人进城侦察，发现沈希仪像原来一样居住在城中没有外出。敌贼丧魂落魄，他们大多易容为熟瑶。

韦扶谏是马平瑶的敌贼魁首，多次捕捉他而没有成功。有人报告说韦扶谏逃到邻贼三层巢去，沈希仪暗中率领兵马剿他，他又与三层巢的敌贼到其他戍所去抢劫。沈希仪尽俘三层巢敌贼的妻子儿女，一并带回来，过去沈希仪俘获的敌贼妻子儿女全部用来给与予狼兵，到这时却将他们独闭在空舍中，给他们饮食。让熟瑶去对他们的丈夫说“：你们捉到韦扶谏，就让你们的妻子儿女回来。”诸瑶听说后，都来谒见沈希仪。沈希仪让他们到房室中去看，见他们的妻子儿女都安然无恙。于是他们共同引诱韦扶谏出巢，将他捆缚着献给沈希仪，来换他们的妻子儿女回去。沈希仪剜去韦扶谏的眼睛，将他肢解后，悬挂在诸城门。诸瑶服沈希仪威信，更加不敢做强盗。从此，柳城四旁的数百里，没有敢抢夺的人。

沈希仪曾经向朝廷上书，说狼兵也是瑶、僮人。瑶、僮所在为贼，但狼兵至死不敢为非作歹，并不是狼兵顺服，而瑶、僮叛逆。狼兵隶属土官，而瑶、僮隶属流官。土官令严足以控制狼兵，流官势轻则不能控制瑶僮。如果将瑶、僮分割开来分别隶属旁近的土官，土官世世代代富贵，不敢有他望。这样以国家的力量控制土官，以土官之力来控制瑶、僮，将他们都变成狼兵，两广就世世代代没有祸患了。当时没有采用他的建议。到十六年(1537)就发生了思恩岑金的叛乱。