。又认为大同城墙毁坏,修缮的事急迫;其次是堵塞银钗、驿马诸岭,以便断绝敌寇窥探紫荆的道路;在居庸关南山设防,以便断绝敌寇窥探皇室陵寝京畿的道路;修筑阳神地诸城墙阻堑,以便断绝敌寇入侵山西的通道。于是在大同牛心山等处修筑了九座堡垒,九十二个墩台,连接左卫高山站,以便联络镇城。开掘了两条大沟,各长十八里,开掘小沟六十四条。耗费五十天时间完工,受到嘉奖赏赐。
皇帝几度想将杨博召回,又顾虑边疆,便询问严嵩。严嵩一向不喜欢杨博,奏请任命他为江东署理部事,等待秋防完毕后再慢慢计议,于是不召杨博。秋防完毕,加封为太子太保,依然留任镇守。口孛索把伶和反叛了的都记等几度拥轻骑袭扰边关,杨博先后设计擒获了他们。并几次派出骑兵袭击敌寇,敌寇稍稍迁移了营帐。于是杨博倡议修筑前总督翁万达所创设的边墙,招回被敌寇劫掠过的内地民众一千六百多人。又奏请疏通宣府、大同荒田的水利设施,少征租税。朝廷准奏。改任蓟辽总督。秋防完毕,廷议打算召回杨博,吏部尚书吴鹏不赞成。郑晓署兵部,争辩道:“杨博在蓟、辽则蓟、辽安定,在兵部则九边都得平安。”于是被召回,加封少保。
皇帝很担忧边关,杨博每每事先布署好防务,皇帝倚重他如左右手。曾对内阁大臣讲:“自从杨博入朝,我常常忧虑边关,与杨博谈话让他预先谋划。”杨博进言“:当今九边,蓟镇最重要。奏请敕令边臣驱逐大同的敌寇,使他们不能接近蓟,宣、大诸位将领从独石侦察情况,在黄花、古北诸要害预先设防,不使一骑入关,便是首功。”皇帝称是。
嘉靖四十二年(1563)十月,敌寇拥众窥视蓟州,声称要进犯辽阳。总督杨选率师东进,杨博传檄制止。又亲自给他写了三封信,杨选最终没有听从意见。杨博抚摩着案几叹息“:败了啊!”紧急征兵增援,敌寇已击溃墙子岭守军,进犯通州。皇帝叹息“:庚威望戌年(1550)的事情又重现了。”几路兵马先后赶到。任命宣、大总督江东统帅文武大臣分路驻守皇城、京城,镇辽侯顾寰把京营兵分布在城内外。敌寇化解后向东而去,蹂躏顺义、三河,大肆劫掠之后退去。援兵不发一箭,沿途击毙零散的敌骑或伤残之敌报称首功。皇帝怏怏不乐,告诉杨博说:“敌贼饱掠而去,以后怎么惩戒?”便诛杀了杨选。杨博担忧自己,徐阶全力保护了他。皇帝念及杨博以前的功绩,没有治罪。此后很久,改任吏部尚书。
隆庆元年(1567),奏请遵循先帝的遗诏,录用曾因劝谏而被治罪的大臣们,死者都受赠赐抚恤。当时统计众吏,山西人没有一人被罢免。给事中胡庆嘉弹劾杨博庇护同乡,杨博接连上疏请求退休。朝廷抚慰挽留,而且对舆论进行了驳斥。在一品官任上三次满考后,升为少傅兼太子太傅。皇帝打算巡游南海子,杨博率领同僚劝谏。御史詹仰庇因直言被罢免,杨博进行了争辩。屯盐部御史庞尚鹏遭议论,杨博提议挽留他。违背了圣意,于是称病归乡。尚书刘体乾等递交奏章请求他留住,没有听从。大学士高拱执掌吏部,举荐杨博堪为将才。皇帝下诏令他任吏部尚书兼理兵部的事务。陈述蓟、昌战守的方针策略,称“:言官认为居守城墙是胆怯,言论可以听听,其实没有什么效果。在墙外迎击,害占七成利为三成;在墙内格斗,利占一成害为九成。凭借城墙据守,称为先抵战场等待敌人。名义称守,实际上是战。我任部督,曾抗拒打来孙的十万之余,认为应当毫无疑虑地据守城墙。”因此陈述明确呼应与援、申明驻守、安排京营、晓谕少数部族、修正内治等事,皇帝全都听从了。
杨博魁梧肥壮,遇事能安闲处置,有胆识、有度量。出入朝廷四十多年,始终以兵事著称。隆庆六年(1572),高拱罢官,于是改派杨博负责吏部,晋升少师兼太子太师。第二年秋天,患疾病,多次请求辞官归乡。过了一年去世。赠封太傅,谥号襄毅。
高拱主持朝政时欲使徐阶陷入危险的祸难,杨博拜访高拱尽力替他解脱。高拱也被感动,事情才算完结了。此后张居正排挤了高拱,准备周密地罗织他的罪状,杨博毅然抗争。等到兴起王大臣狱案,杨博与都御史葛守礼到张居正处尽力替他解脱。张居正愤懑道“:二公说我对高公有成见耶?”杨博回答“:不敢如此,但是除了您无人能有回天术。”遇上皇帝任命守礼和都督朱希孝联合审讯,杨博暗中替他谋划计策,唆使校尉恐吓王大臣翻供;又指使高拱的仆人混杂在人群中,指令王大臣识别,却茫然不能分辨,事情才弄明白。人们因此称杨博为长者。