累计数千人,因为吏、兵两科缺掌印人而不签凭证,长期滞留京都,时常攀附内阁的公车哀怨、诉说。诏狱的囚犯,因为没有人负责刑部,不做判决遣送,家属聚集在长安门号哭。职司各业全部废弛,上下级分离,脱节。
万历四十六年(1618)四月,大清的军队攻克抚顺,朝野震惊。皇帝起初很忧虑、惧怕,时时下达文书,不出几个月就像原来一样迟缓。方从哲的儿子方世鸿杀了人,巡城御史弹劾他。方从哲请求罢职,皇帝不同意。长星出现在东南方,长二丈,宽一尺多,过了十九天才消失。当天,京城发生地震。方从哲上奏称“:妖象与怪征兆,层出迭见,除了我尽职,痛心修身、反省之外,希望陛下大振天纲,使天下更新。”朝廷人纷纷地讥笑他。皇帝也不做反省。御史熊化因为时事多艰、辅佐无效而弹劾方从哲,请求依灾变的方策罢免他。方从哲恳求罢免自己的官职,坚持在家躺卧四十多天,内阁空虚无人。皇帝再三抚慰、挽留,他才起身处置事务。
第二年二月,杨镐分四路出兵,兵科给事中赵兴邦用红旗督战,官军大败。礼部主事夏嘉遇称辽地事情的严重,由赵兴邦与方从哲庇护李维翰所造成的,两次上奏弹劾他们。方从哲请求罢职,不敢进入内阁,在朝房处理政务。皇帝下优诏恳留,才如常上班,而且反而提升赵兴邦为太常少卿。不久,大清的军队接连攻克开原、铁岭。朝廷大臣在文华门跪拜上奏,请求立即批示、发放奏章,又在思善门等候圣旨,都没有答复。于是,方从哲在仁德门叩首,跪着等候皇帝的答复,皇帝始终没有答复。不久,奏请皇帝出宫,驾临文华殿,召见群臣,当面商议战守的策略,也没有答复。他十次上奏请求补充内阁大臣,心情极度悲哀,皇帝才命令朝廷大臣推举。等到推举给皇上,又不任用。方从哲又接连奏请,才选用史继偕、沈纮,奏疏仍然留在宫中,终万历皇帝之世没有下达。御史张新诏弹劾方从哲的诸封奏疏,归罪于君王,诳言骗人,祖宗二百多年的基业毁坏在方从哲的手中。御史萧毅中、列蔚、周方鉴、杨春茂、王尊德、左光斗,山西的参政徐如翰也相继上奏攻击他。方从哲接连上奏表白自己,并请求罢免官职。皇帝都没有理会。自从刘光复被投入监狱,方从哲数十次上奏相救。皇帝特例释放他为平民,而用人与行政的诸件奏章始终没有下发。皇帝患病几个月。遇上皇后逝世,方从哲刚刚哭完,就奏请到皇帝龙床前侍候。皇帝在弘德殿召见他,他跪着诉说了很久,于是奏请补充内阁大臣,任用大臣,下发谏书、命令。皇帝同意了,他才叩头出门。皇帝一向厌恶言官。在此之前的考选后任职、授命的人,都要候职二、三年。等到这时候,等待再次任职的人则要四年。方从哲几十次上奏想请求任命这些人最终没有下发。皇帝自认为天下平安,官吏不必完备,有意减少他们。等到辽左的兵事兴起,又不想矫正以前的过失,照旧施行。方从哲单独执政,最终没有什么匡扶、救助。又任用姚宗文到了辽东察看,将经略熊廷弼倾轧离去,于是丢失了辽阳。论事者称明朝的灭亡,实际上由神宗酿成,而方从哲是罪魁祸首。
万历四十八年(1620)七月二十九日,皇帝不舒适,十七天后渐渐加重。外廷忧虑,方从哲与九卿台谏到思善门问安。过了两天,皇帝召见方从哲和尚书周嘉谟、李汝华、黄嘉善、黄克缵等人接受遗命。又过了两天,皇帝才逝世。
八月二十八日,光宗继位。郑贵妃因为以前福王的缘故,怕皇帝怀恨她,呈送珠玉以及八名侍姬利诱皇帝。所选送的侍姬李氏最受皇帝宠爱,于是贵妃请求立选侍为皇后,选侍也替贵妃请求册封太后。皇帝已经在乙卯(九月六日)患病,丁巳(九月八日)病重,命令方从哲册封贵妃为皇太后,方从哲赶紧命令礼部。侍郎孙如游极力争辩,此事才终止。辛酉(九月十二日),皇帝不朝见,方从哲与朝廷大臣到宫门前问安。当时京城纷纷传说宦官崔文升进呈泄药,皇帝因此萎靡,而且皇帝的圣谕中有“头目眩晕,身体软弱,不能动脚”的话,众人的情绪更加疑惑、惊骇。给事中杨涟弹劾崔文升并波及方从哲。刑部主事孙朝肃、徐仪世,御史郑宗周一起呈书方从哲,请求保护圣体,迅速建立皇储。方从哲向皇帝问安,于是劝谏皇帝慎重吃药。皇帝褒扬并答应了他。戊辰(九月十九日),新任内阁大臣刘一火景、韩火广上任,皇帝的病情已经很危险。辛未(九月二十日),皇帝召唤方从哲、刘一火景、韩火广,英国公张惟贤,吏部尚书周嘉谟,户部尚书李汝华,礼部侍郎署理部中事务的孙如游,刑部尚书黄克缵,左都御史张问达,给事中范济世、杨涟,御史顾忄造等人到乾清宫。皇帝驾御东暖阁靠着茶几,皇长子、皇五子等人都侍从在旁。皇帝命令诸位大臣上前,方从哲等人便奏请皇帝慎重就医、服药。皇帝说“:十多天没有吃了。”于是下谕册封选侍为皇贵妃。甲戌(九月二十五日),又召见诸位大臣,告谕册封的事。方从哲等人奏请迅速册立皇储。皇帝看着皇长子说:“你们辅佐他成为尧、舜。”又谈及寿宫,方从哲等人以先帝的山陵作答。皇帝指着自己说:“我的寿宫。”诸位大臣都哭泣了。皇帝又问“:有位鸿胪官敬呈药物,他在哪里?”方从哲回答“:鸿胪寺丞李可灼自称有仙方,我们不敢相信。”皇帝命令召李可灼来,催促他调配药物奉献给皇帝,即所谓的红丸。皇帝服完一再称他为“忠臣”诸位大臣退出恭候在宫门外。宦官传告皇上身体平安。将近下午三至五时,李可灼出来,称又呈送了一粒红丸。方从哲等人询问状况,他回答:“像先前一样平安。”第二天即九月二十六日卯时(上午五至七时),皇帝逝世。朝廷内外都恨李可灼,而方从哲拟遗旨却赏赐李可灼银币。当时李选侍居住在乾清宫,群臣进去哭诉,诸宦官紧闭宫门不允许进去。刘一火景、杨涟极力讥讽他们,才得以依礼面对皇帝哭泣,拥着皇长子出来,住进慈庆宫。方从哲只是周旋而已。