臣一直把他送到崇文门外。到达山海关后,孙承宗命令总兵江应诏制定规章制度,佥事袁崇焕建造兵营房舍,旧将李秉诚操练火器,赞画鹿继善、王则古治理军备,沈翭、杜应芳修理兵器,司务孙元化兴筑炮台,中书舍人宋献、羽林经历程伦主持购买马匹,广宁道佥事万有孚主持采购木材。而派游击祖大寿在觉华岛辅助金冠,副将孙谏在前屯帮助赵率教,游击鲁之甲拯救难民,副将李承先操练骑兵,参将杨应乾招募辽人当兵。
这个时候,山海关的士兵名义有七万人,但是没有纪律,冒领军饷的很多。孙承宗大规模清查,淘汰逃将几百人,遣返河南、真定疲乏的士兵一万多人,将鲁之甲拯救的七千名难民派往前屯当兵。杨应乾召募的辽兵派出去戍守宁远,和朝鲜商议派兵声援。在东江犒劳毛文龙,命令他收复四卫。发布檄文让登州统帅沈有容前往占领广鹿岛。想以春防的名义亲自前往登、莱商量进军收复失地,而朝中的意思是先用兵辽东,所以不允许。江应诏被弹劾,孙承宗请求任用马世龙代替他,以尤世禄、王世钦为南、北统帅,听从马世龙的指挥,还为马世龙请求尚方宝剑,皇帝都同意了。马世龙接受任命后,孙承宗为他筑台,恭敬地实行授权礼仪。赵率教已在前屯驻守,将哈喇慎各部全部赶走,办公的大本营还在八里铺。王象乾建议设立水关,在关内镇守,孙承宗不同意,于是将大本营定在高台堡。
这时,大清兵放弃广宁离去,辽东的流民进城居住。插汉的部队把这消息报告了万有孚,万有孚计划挟持西部人乘机歼灭他们,假充收复失地的功劳。孙承宗发布檄文说:“西部杀死我军的,按照盟约所说的讨伐他。”这一仗,保全活口一千多人。皇帝喜好考察边防情况,这时命令东厂派人到宫门前,报告这事情的全部情况,称为“澄清事实”等到魏忠贤专权,派他的党羽刘朝、胡良辅、纪用等四十五人携带内库的神炮、甲仗、弓箭之类武器数万件到达山海关前,资助军队使用,又拿出白金十万两,蟒、麒麟、狮子、虎、豹等各种图案的钱币赏赐给官兵,赐给孙承宗蟒服、白金慰劳他,实际上是来侦察军队的情况。孙承宗正好出关巡视宁远,半路上听说了,立即上疏说:“宦官观察部队,自古以来都是被戒除的。”皇帝下旨答复他。使者到来后,聊具一杯清茶而已。
阎鸣泰出任巡抚,是孙承宗举荐的,后来知道他没有实际才干,有关军事事情经常不跟他商量。阎鸣泰很不高兴,请求辞职,孙承宗也称病。言官们都挽留孙承宗,诋毁阎鸣泰,巡关御史潘云翼再上疏弹劾他,皇帝于是罢免阎鸣泰,而用张凤翼代替他。张凤翼胆小,又主张防守山海关。孙承宗不高兴,于是再次出关巡视。抵达宁远,召集将官讨论防守情况,很多人都赞同张凤翼的意见,唯独只有马世龙请求守卫中后所,而袁崇焕、鹿继善及副将茅元仪极力请求防守宁远,孙承宗认为应该如此,意见才确定下来。命令祖大寿兴修工事,袁崇焕、满桂防守。在这之前,虎部偷偷跑出来抢劫,赵率教逮捕杀死四人。王象乾想杀赵率教报答虎部,孙承宗不同意。而孙承宗派遣的王楹驻守中右,保护士兵外出采集木材,被西部朗素杀害了。孙承宗愤怒了,派马世龙去围剿。王象乾担心破坏安抚的局面,命令朗素捆绑逃亡的平民充当杀死王楹的人献出来,又增加赏金一千两。孙承宗正准备上疏争论,而王象乾因为父母的丧礼离职了。
孙承宗担心掌管钱款的人阻挠自己的权力,说督师、总督可以不兼设,请求罢免自己,如果不行,就不推举总督。并且请求把辽东巡抚移到宁远驻扎。皇帝命令停止总督推荐。而张凤翼认为是把自己放到死亡地带,因而十分怀恨孙承宗。跟他的同乡潘云翼、万有孚等人极力诽谤马世龙,来动摇孙承宗。不久,万有孚被蓟州巡抚岳和声弹劾,更加怀疑是袁崇焕和马世龙设下的陷阱。于是一起造谣,阻挠出关的计划。给事中解学龙于是极力议论马世龙的罪行。孙承宗很气愤,上疏陈述防守御敌的对策,说:“在国门之内抵抗敌人,跟在国门之外抵抗敌人,情况是有区别的。我军将敌人赶到二百里之外,跟敌人赶我军到二百里之内,情况又是有区别的。广宁,离我军远而距敌人近,宁远,离我军近而距敌人远。我军不向前进逼敌人,敌人将会向前逼迫我军。现在既然不能收复辽东,而宁远、觉华岛终不能够放弃。请求皇帝下诏让朝臣讨论以下问题:军队是否能够长期驻守,粮饷是否能够长期输送,关外的土地人民是否可以抛弃,筑城屯田战争防守是否可以建立,再考察敌人的情况是否果真不出击坐守等待就能够消灭,我不敢做百年大计的长远考虑,只考虑到五年之内究竟会出现什么情况。倘若我的话不恰当,立即罢免卑职以确定国家大计,不要老是犹豫不决,让那些贪生怕死、保全自己家人的臣子附合众人之口,用杀死我一人来耽误了国家大事。”又为马世龙辩解,揭发万有孚等人相互勾结的情形。
万有孚,是原侍郎万世德的儿子,担任广宁理饷同知。广宁失陷后逃回家,王象乾命名为广宁道佥事,专门安抚插汉,大量侵吞财物。到这时因为孙承宗的言论被罢免。张凤翼也因为父母的丧事回家,喻安性代替他。而朝臣认为总督不能裁并,命令吴用先总督蓟、辽,代替王象乾。孙承宗讨厌本兵赵彦多从朝中制约,称病请求辞职,推举赵彦代替他让赵彦下不了台,朝廷认为不可以。