携带十万两国库银犒赏官兵,而赐给孙承宗坐蟒、膝。。,另佐以金币。
这个时候,魏忠贤更加擅权,因为孙承宗功劳高,想拉拢他,叫刘应坤等人表明自己的意图。孙承宗不跟他说一句话,魏忠贤因此极恨他。正好魏忠贤驱逐杨涟、赵南星、高攀龙等人,孙承宗刚巡视蓟镇、昌平,想到上疏皇帝未必亲自过目,过去在讲席时,每次当面上奏都有效果,孙承宗于是请求以祝贺皇帝寿辰为由,进入朝廷当面向皇帝报告机务事宜,想利用这个机会陈述魏忠贤的罪行。魏广微听到这消息,飞快报告魏忠贤:“孙承宗拥兵数万人将要清除皇帝身边的人。兵部侍郎李邦华作为内应,您立刻就有粉身碎骨的危险了。”魏忠贤非常害怕,围绕着皇帝的床哭,皇帝被感动了,命令内阁草拟圣旨,次辅顾秉谦举笔写道:“没有皇帝的圣旨离开驻防之地,不是祖宗的法令,违抗的人绝不宽恕。”连夜打开禁宫大门召见兵部尚书,下三道命令派快骑兵制止他。又假传圣旨告示防守九门的宦官,孙承宗如果到齐化门,将他捆绑送入。孙承宗到达通州,听到命令就返回了。魏忠贤派人侦察,发现车子中放着一床用包裹包着的被子,后面只有鹿继善一辆车子而已,这才稍微减少了怀疑。而魏忠贤的党徒李蕃、崔呈秀、徐大化接连上疏诋毁孙承宗,竟把他比作王敦、李怀光。孙承宗于是闭门谢客,请求辞职。
天启五年(1625)四月,给事中郭兴治请求朝廷讨论孙承宗的去留,议论冒领军饷的又接踵而至,于是交给朝臣讨论。吏部尚书崔景荣坚持留用他,于是下诏挽留勉励,而以精简将官、淘汰士兵、清理粮饷三件事责令孙承宗的汇报,孙承宗正在派遣各将分别驻守锦州、大小凌河、松、杏、右屯各要害地区,开拓土地又有二百里,罢免大将王世钦、尤世禄,副将李秉诚、孙谏,裁军一万七千多人,节省开支六十八万两。而言官仍在不停地议论马世龙。到了九月,才有柳河战役的失败,死亡四百多人,详情参见《马世龙传》。于是台省弹劾马世龙,并提到孙承宗。送上的有数十道奏疏。孙承宗请求辞职更加坚决,十月才得到批准。先前已多次加封为左柱国、少师、太子太师、中极殿大学士,于是又特别加封光禄大夫,荫庇他的儿子为中书舍人,赐给他蟒服、银币,在行人的保护下回家。而用兵部尚书高第代替他做经略。不久,喻安性也被罢免,于是废除巡抚不再设立。
当初,高第极力压制孙承宗,请求撤除关外兵来防守关内。孙承宗反驳他,高第很不满意。第二年,宁远被包围,于是上疏说山海关关门只有五万士兵,谈论这事的人更加以为是孙承宗的罪过。孙承宗向户部报告说:“高第刚到山海关时,曾发给十一万七千人的粮饷,现在只发给五万人粮饷就足够了。”高第果真因为说话荒谬而被定罪。后来魏忠贤派他的党羽梁梦环巡视山海关,想罗织孙承宗的罪名,没有得到什么就停止了。孙承宗在山海关四年,前后修复九座大城、四十五个城堡、练兵十一万,建立战车营十一个、水兵营五个、大炮营二个、前锋后劲营八个,制造甲胄、器械、弓箭、炮石、渠答、卤盾等器械一共有数百万之多,开拓土地四百里,开辟屯田五千顷,每年收入十五万两银子。后追叙宁远战役的功绩,荫封儿子锦衣世袭千户。
庄烈帝即位,王在晋进入朝廷担任兵部尚书,对孙承宗痛恨不已,坚持说马世龙和茅元仪迷惑中枢机构,败坏了边关事,又唆使谏官等交口诋毁孙承宗,来阻止他出来做官。崇祯二年(1629)十月,大清兵进入大安口,攻取遵化,将迫近北京城。朝臣争相请求召回孙承宗。下诏以原官职兼兵部尚书防守通州,仍旧进入朝廷朝见皇帝。孙承宗到任,皇帝在平台召见他。慰劳完毕后,皇帝问他方法谋略。孙承宗报告说:“臣听说袁崇焕驻守蓟州,满桂驻守顺义,侯世禄驻守三河,这是很正确的。又听说尤世威回到昌平,尤世禄驻守通州,似乎不大好。”皇帝问道:“爱卿想防守三河,是什么意图?”孙承宗回答说:“守住三河可以阻止敌人向西逃跑,遏止敌人南下。”皇帝认为很好,说:“你打算怎样为朕保卫京师?”孙承宗说:“当此危难之际,守城的人苦于饥饿和寒冷,不是万全之策,请求皇上整顿守城器械,加倍犒劳士兵,以安定人心。”他所出的计谋都很合皇帝的心意。皇帝说:“爱卿不必前往通州,就为朕总督京城内外的军事事务,仍旧参与军事策划。”催促首辅韩火广草拟诏书下发给有关部门铸造边防器具。孙承宗出来时,记时的漏刻已经二十下了,立即检阅环卫都城部队,五更时才结束,又出都城检阅外城。第二天半夜,忽然传旨孙承宗防守通州。这时战争的烽火已传遍京师近郊,孙承宗率二十七名骑兵从东便门出发,中途逃亡了三人,快马加鞭直抵通州,守城门的人几乎不让他们进城。进城之后,跟保定巡抚解经传、御史方大任、总兵杨国栋一起登上城墙加强防守。而大清兵已迫近都城,于是急忙派遣游击尤岱率步骑三千人前往增援。片刻之后又派副将刘国柱统帅二千士兵与尤岱汇合,而派遣密云兵三千人驻守东直门,保定兵五千人驻守广宁门。这期间派遣将领收复马兰、三屯二座城邑。