东西策应。其余的交给镇监、巡抚以下分别操练。废除通州、昌平督治二个郡,增设保定总督,合并畿辅、山东、河北的兵力,共得十五万七千多人,四总兵各练二万,总督练三万。北边起自昌平,南边抵达河北,听到警报策应。其余的交给巡抚以下分别操练,又因为畿辅地位重要,建议增加四名监司。于是大名、广平、顺德共增设一人,真定、保定、河间各增加一人。蓟、辽东总督以下增设监军三人。方案报上后,皇帝一切照准。杨嗣昌确立的方案共有七十三万多。然而人员流失,军饷不足,从来没有达到过此数。
皇帝又采纳副将杨德政的建议,府废除通判,增设练备,官级低于守备,州废除判官,县废除主簿,增设练总,官级低于把总,一起受正官管辖,专门操练民兵。府一千人,州七百人,县五百人,捍卫本乡本土,不调往别处。杨嗣昌以为各地轻重缓急不同,请求先在畿辅、山东、河南、山西实行,皇帝同意了。于是有了练饷的议论。当初,杨嗣昌增派剿饷,以一年为限。后来粮饷用尽而强盗未平,下诏征收原额的一半。到这时,督饷侍郎张伯鲸请求全部征收。皇帝担心失信于民,杨嗣昌说:“不要紧的,加派的赋税来自土地,土地都被富家大户占领了,百亩土地增收三四钱银子,还可以稍微压抑土地兼并。”大学士薛国观、程国祥都赞同他。于是在剿饷之外又增加练饷七百三十万两。有人说:“九边原本有一定数额的军饷,全部发给新增的军饷,那么原来的官饷到哪里去了?边境部队多有虚额,现在都看作是足数,军饷全都浪费了,而练兵的数量仍然不足。况且部队因为分地设防不能经常聚集在一起,所以有抽练的议论,抽练了而其他事情又不管了。况且抽练又是虚文,边防每况愈下了。至于州县民兵更加名不符实,白白地浪费国家钱财。”因为是杨嗣昌主持的,事体太大没有谁敢发难。神宗末年增加赋税五百二十万,崇祯初年再增加一百四十万,一起称作“辽饷”到这时,又增派剿饷、练饷,规定的数目更加滥了,前后增加赋税一千六百七十万两,民不聊生,更多的人揭竿而起成为盗贼了。
五月,熊文灿招抚的强盗张献忠在谷城反叛,罗汝才等九营都反了。八月,傅宗龙抵北京,杨嗣昌被解除部里的职务,回到内阁,不久,罗犭英山失败的消息传来。皇帝极为震惊,下诏逮捕熊文灿。特别降旨命令杨嗣昌统帅部队,赐予尚方宝剑,相机实行赏与罚。九月初一,皇上在平台召见他,杨嗣昌说:“皇上的话不留在家过夜,臣早晨接受命令,傍晚就出发,军用物资器械希望皇上下令有关部门迅速发下来。”皇帝很高兴,说:“爱卿能够如此,朕还有什么可担心的呢。”第二天,赏赐白金百两,大红。。丝四套,斗牛衣一件,银子四万两,银牌一千五百个,帛币一千。杨嗣昌列举七件事报告给皇帝,都同意了。四日召见他为他设宴饯行,皇帝亲手进了三爵酒,御制赠行诗一章。杨嗣昌跪着朗诵,一边拜一边哭。过了二天,向皇帝辞行,赐给他用膳。二十九日抵达襄阳,进入熊文灿军中,熊文灿被捕,杨嗣昌还在为他上疏辩解。
十月初一日,杨嗣昌大誓三军,督理宦官刘元斌,湖广巡抚方孔火召,总兵官左良玉、陈洪范等人都到会。农民军贺一龙等人夺取叶县,包围沈丘,放火烧了项城的外城,侵略光山。副将张琼、刁明忠率领北京部队翻山越岭行军九十里,到达敌人老巢。先驱赶射击敌人,射死二个穿红袍骑马奔跑的人,追击逃敌四十里,斩首一千七百五十。杨嗣昌举诏书颁发赏赐。十一月,兴世王王国宁率千人来归附,在襄阳接受他,把他的妻子、儿女安排在樊城。表彰左良玉讨平贼将军。各将日益放纵而轻敌,丧失斗志。张献忠、罗汝才、惠登相等八营顺着郧阳、兴安的山间小道,攻打南漳、谷城、房县、竹山、竹溪。杨嗣昌鞭打刁明忠,杀死监军佥事殷大白来示众。发布檄文给巡抚方孔火召,奏请惩办永州推官万元吉为军前监督法纪,皇帝同意了。
正在这时,李自成潜伏陕西,贺一龙、左金王等四营活跃在汉水以东地区。杨嗣昌专门围剿张献忠。张献忠在兴安多次被打败,要求投降,不同意。他的同党托天王常国安、金翅鹏刘希原来投降,张献忠逃往四川,左良玉追击他,杨嗣昌写信命令他回师,左良玉不听,崇祯十三年(1640)二月七日与陕西副将贺人龙、李国奇在玛瑙山夹击张献忠,大败张献忠,斩首三千六百二十。掉下悬岩山谷死亡的不计其数。他的同党扫地王曹威等人被杀,十反王杨友贤率众人投降。这个月,皇帝惦念杨嗣昌,发放银子万两犒劳军队,赐给他斗牛衣、良马、金鞍各二。使者刚出都城门,而玛瑙山的捷报传到。皇帝十分高兴,再次拨给银子五万两,帛币一千犒劳部队。论功行赏,加封太子少保。而湖广将领张应元、汪之凤在水右坝打败敌人,抓获了敌军师。四川将领张令、方国安在千江河获胜。李国奇、贺人龙等人在寒溪寺、盐井获胜。四川、陕西、湖广各将领全部集中,又接连在黄墩、木瓜溪打了胜仗,军队声威大振。罗汝才、惠登相请求招抚,张献忠控制了他们,在南漳、远安间收拢部队,杀死安抚官姚宗中,跑到大宁、大昌,进犯巫山,成为四川一带的灾祸。张献忠顺着兴安、平利山间行进,左良玉围而不攻,敌人得以收拾失散逃亡的人,由兴安、房县直奔白羊山向西逃跑,跟罗汝才等人汇合。杨嗣昌认为群贼汇合在一起,他们的势力一定又会强大起来,于是由襄阳赶往夷陵,控制要害地形。皇帝惦念杨嗣昌行军劳苦,下令赐给他赏功银一万两、鞍马二匹。罢免郧阳抚治王鳌永,下诏让被废除的将领猛如虎在军前立功。黄得功、宋纪在商城大败农民军,贺一龙五大部投降之后又反叛了。郑嘉栋、贺人龙在开县大败罗汝才、惠登相。罗汝才随同小秦王一起向东逃跑,惠登相经过开县向西退却,从此二部农民军才分开。