,其余的十三个营起来响应他们,把巡抚毕自肃、总兵官朱梅、通判张世荣、推官苏涵淳绑了去,囚禁在城墙上的碉楼里。自肃受重伤,兵备副使郭广刚到,亲自保护自肃,收集抚赏金和不动金二万两用以平息事态,数目不足,又从商人百姓那里借贷五万两给他们,事情才得以解决。自肃上书自行请罪,逃往中左所,自杀而死。崇焕在八月初抵达关防所,听说兵变就骑马前去同郭广密谋,宽恕了带头起事的杨正朝、张思顺,命令逮捕了十五人在街市上杀掉;斩知情不报的中军吴国琦,责问参将彭簪古,罢黜都司左良玉等四人。派正朝、思顺到前线立功赎罪,世荣、涵淳因贪污虐待下属导致事变,也被罢免。只有都司程大乐一营没有跟从兵变,特别为此给予奖励。由此当地才稳定下来。
关外大将四、五人,办起事情往往互相牵制,后来又规定只设二人,由朱梅镇守宁远,大寿仍然驻军锦州。到这个时候朱梅就要卸任了,崇焕请求合宁远、锦州为一镇,大寿仍然驻军锦州,提升中军副将何可刚都督佥事,接替朱梅驻守宁远,改派蓟镇的赵率教驻军关门,关内外只设两员大将。就此事在上疏中极力称赞他们三人的才干,说:“我自许五年内收复,就专靠这三个人了,应当让他们从头到尾辅助我。到时候没有成效,我就亲手杀了他们三个,我自己的命交由司法部门处理吧。”庄烈帝同意了他的意见。崇焕于是留下来镇守宁远。自肃已经死了,崇焕请求停止设巡抚一职。等到登莱巡抚孙国桢免职,崇焕又请求虚其位不再派人。庄烈帝也都回答可以。哈剌慎三十六家过去接受了明朝的安抚和封赏,后来被插汉所逼迫,又因收成不好,有叛改的意向。崇焕召他们在边境上相见,亲自安抚慰问他们,他们都顺服了。二年闰四月评叙春秋两防的战功,崇焕被加封太子太保,赐给蟒衣、银币,并得到荫封子孙锦衣千户的封赏。
崇焕上任一开始,就想杀掉毛文龙,文龙,仁和人。以都司之职率兵援助朝鲜,逗留在辽东一带,辽东失陷后,从海路逃回,乘守备空虚杀死大清镇江的守将,向巡抚王化贞做了报告,没有告诉经略熊廷弼,由此两人开始有了怨恨。当时朝廷里掌权的人正赏识化贞,于是授职文龙为总兵官,逐渐加升到左都督,挂起将军印,赐尚方宝剑,像内地一样在皮岛上设立军镇。皮岛又叫东江,在登、莱沿岸的大海中,全长八十里,不生长草木,远离海岸,靠近北岸,北岸与大清界只相隔八十里的海面,他的东北海就属于朝鲜了。
不过,毛文龙占居的东江,形势虽然足以牵制大清兵,但他本人没有大的谋略,每次征战都失算,每年浪费的军饷无法计算,并且只顾征招商贾,贩卖禁物,名义上在援助朝鲜,实际上是妄出边塞,没有军事的时候就以变卖人参、布匹为职事,有战争,也很少得到过他的功用。工科给事中潘士闻弹劾文龙浪费军饷滥杀俘虏的罪行,尚宝卿董茂忠请求撤了文龙的兵,专门整治山海关、宁远的军队。兵部讨论认为不行。崇焕心里对文龙不高兴,曾上书请求派部臣到文龙处清理粮饷。文龙讨厌有文臣在身边牵制,上书反驳,崇焕很不高兴。等到文龙来拜访时,崇焕按宾客之礼迎接他,文龙又不谦让,崇焕除掉毛文龙的主意更加坚决了。
到了这个时候,崇焕就以阅兵为名,乘船到达双岛,文龙前来会面。崇焕同他设宴饮酒、行乐,每每到半夜才罢,文龙没有觉察崇焕的意思。崇焕同他商量更改营制,设立监司,文龙很不高兴。崇焕用离职返乡劝说他,文龙回答说:“以前有这个意思,但现在只有我了解东部战事,等东部战争完毕,朝鲜衰弱,可以一举而占有。”崇焕更加不高兴,就在六月五日这天邀请文龙来观看将士们射箭,先在山上设了帷帐,命令参将谢尚政等安排身穿铠甲的士兵埋伏在帐外。文龙来后,他手下的士兵不能进帐里来。崇焕说:“我明天出发,海外的事情全寄托在您身上了,请受我一拜。”互相拜见之后,一起登上山来。崇焕问起他随从军官的姓名,多是姓毛的。文龙说:“这些人都是我的孙子。”崇焕笑了,说道:“你们在海外劳苦多日,每月禄米也只有那么一斛,说起来痛心呢,也请受我一拜,大家都为国家尽力。”这些人都叩头道谢。
崇焕就此诘问文龙几桩违令的事情,文龙做了对抗性的辩解。崇焕高声喝斥他,让人扒下他的帽子和袍带,把他捆了起来,文龙仍很倔强。崇焕说:“你有十二条该斩头的大罪,知道吗?按我朝祖宗定下来的制度,大将领兵在外,必须接受文官的监视。你在这边一人专制,军马钱粮都不接受核查,一该杀。大臣的罪没有比欺骗君主更大的,你送上奏章全都蒙骗,杀害投降的士兵和难民,假冒战功,二该杀。大臣没有自己的将领,有则必杀。你上书说在登州驻兵取南京易如反掌,大逆不道,三该杀。每年饷银几十万,不发给士兵,每月只散发三斗半米,侵占军粮,四该杀。擅自在皮岛开设马市,私自和外国人来往,五该杀。部将几千人都冒称是你的同姓,副将以下都随意发给布帛上千匹,走卒、轿夫都穿着品官官服和袍带,六该杀。从宁远返回途中,劫掠商船,自己做了盗贼,七该杀。强娶民间女子,不知法纪,部下效仿,使得百姓不安于家,八该杀。驱使难民远远去帮你盗窃人参,不听从的就被饿死,岛上白骨累累,九该杀。用车送金子到京师,拜魏忠贤为父,并在岛上雕塑他加冕冠的肖像,十该杀。铁山一战败北,丧师不计其数,却掩败为功,十一该杀。设镇八年,不能收复一寸土地,坐地观望,姑息养敌,十二该杀。”宣布完后,文龙丧魂失魄,说不出话来,只是叩头请免他一死。崇焕召他的部将来说:“文龙这样的罪状,该不该杀他?”大家都怕得唯唯诺诺,谁敢反对?中间有称道文龙数年劳苦的,崇焕训斥说:“文龙本是一个平民百姓罢了,官做得最高,全家都得以荫封,足够报他的辛劳了,他怎么就这样悖乱违逆呢!”接着就磕头请求皇帝的旨意说:“我今天杀文龙以整顿军纪。将领中间有和文龙一样的,都要杀了他们。我不能成功的话,请皇上也像杀文龙一样杀了我。”于是取下尚方宝剑在帐前把文龙的头砍了下来。出来告诉他的将士们说:“只杀文龙一个人,其他人都没有罪。”
这时候,文龙麾下凶猛强悍的官兵有数万人,都怕崇焕的威风,没有一个敢乱动的。崇焕命人用棺材埋了文龙。第二天,用肉酒等祭品祭奠他说:“昨天杀你,是朝廷的法律;今天我祭奠你,是出于同僚、友人的感情。”并为他落下了泪。接着分拨文龙的士兵二万八千人为四协,任用文龙的儿子承祚、副将陈继盛、参将徐敷奏、游击刘光祚为首领。收回文龙的敕印、尚方宝剑,令继盛代他掌管。又犒劳军士,传檄安抚各岛人民,全部废除了文龙的苛政。回到镇上以后,把文龙一事上书报告皇帝,末尾说:“文龙作为大将,不是我可以擅自诛杀的,所以我谨席橐待罪。”当时是崇祯二年(1624)五月。庄烈帝突然听到这个消息,大吃一惊,但想到文龙既已死去,当时又靠着崇焕,所以就以赞扬的态度下诏书褒奖他。不久又传旨公开文龙的罪行,用以稳定崇焕的心;文龙埋伏在京城的爪牙,也命令法司加以搜捕。崇焕又上书说:“文龙一介匹夫,不守法竟至于这种程度,是因为海外便于作乱。他的部队连老带幼一起算有四万七千人,假称十万,并且中间有很多百姓,兵还不到两万,擅自设将领千人。现在不便于再设总帅,就以继盛代行其事,这样算来是方便的。”庄烈帝回答可以。
崇焕虽然杀了文龙,怕他的部下发动兵变,所以增加饷钱至十八万两银子。然而岛上的兵失去主帅后,渐渐地散了心,越发不可征用了。以后直至有背叛投敌的。崇焕上书说:“东江一镇,想牵制敌人还必须借助它。今定为两协,马军十营,步军五营,每年需饷银四十二万两,米十三万六千石。”庄烈帝因为兵减少粮饷增加很有点情绪,因为崇焕,就特别地按他的请求办了。
崇焕在辽东,和率教、大寿、可刚等确定兵制,渐渐推行到登、莱、天津,等到确定东江兵制以后,合计四镇兵共十五万三千有余,马匹八万一千有余,每年耗费饷银四百八十余万两,比过去减少了一百二十万。庄烈帝很赞赏他。
文龙死后才三个月,大清兵数十万分路进入龙井关、大安口。崇焕听说了,就督领大寿、可刚等去守卫。于十一月十日抵达蓟州,经过抚宁、永平、迁安、丰润、玉田等城市,都留下队伍防守,庄烈帝听说他到了,很高兴,用温和的诏书赞扬、鼓励他,颁发公款犒赏将士,并命令他统帅各路援军。不久听说率教战死,遵化、三屯营都被攻下,巡抚王元雅、总兵朱国彦自杀,大清兵越过蓟州向西去了。崇焕怕了,火速领兵入关保护北京,在广渠门外扎营。庄烈帝立刻召见他,慰劳了他一番,向他讯问战守策略,赐他御用的食品和貂裘。崇焕由于兵马疲惫,请允许进城中来休息,庄烈帝不同意,崇焕出去与清兵大战,互有杀伤。