正因为人数多，多到了分派系对抗的地步－－他们截然分为南北两派，其中北方一系多数是最早加入地球联合军的，声音强硬不少。在大时代之前，中国的首都天京（包括古北京和天津的大部地区）就是地球第一大城市，他们当然梦想着在死之前重见昔日辉煌。这些战功累累的英雄们的心愿，往往与现实实际需要完全不相干，他们却坚持不已。

司徒王本身是北方人，应算北系军人的领头人，但定都建业却是他的决策，因此他这个能够下最终决定的人，在这个问题上在南北两系人马中一直保持着一种暧昧的平衡。随着南北两系军官的争吵日益升级，建业的地理局限也在开发工程中不断体现出来。三〇〇五年，司徒王终于批准在古北京－－天津地区重点清除污染，然而择址建设东亚第三座超级城市中都。这个名字古已有之，此时的选择大概源于华人心理的中者至尊、统领天下的想法。

在建设过程中，不可避免地因为政治因素存在资源、政策的倾斜。中都建设虽晚，但因得到了很多优惠政策和重点投资，在评定城市级别时，城市规模和人口已经超过了建业都。这种明显的派系斗争为后来地球联合军的分裂埋下了种子。

在重建家园的时候，意想不到的敌人出现了。人间各处都陆续出现了来无影去无踪的武装人员制造的大规模破坏，没过多久便被证明是天界所为。这种行为的开始时间和原因都是一个秘密。在地球联合军的高层中流传着一个传说：在此之前司徒老儿与天界进行过秘密接触，但是发生了非常不愉快的事情。据说天界中央一度发出过横扫人间的诏书，但也许是被很快收回了，一直不能取得有过这种诏书的证据。但是，对于诸侯割据的天界，只要有这样一个事件，甚至只是一个谣言为突破口，对人间的渗透和攻击从此便络绎不绝。GDI也曾想过秘密与天界中央接触谈判以解决这种情况，可后来情报证明：天界中央根本就没有控制局势的能力。他们能够点起星星之火，但是当大火燎原时，他们无能为力。从那时起，地球联合军的主要军事任务就变成了应付天界入侵带来的突然事件，整日疲于奔命。

自大时代以来，对天界只有一些模糊认识的普通人民和地球联合军官员都有一个疑问：大时代人间被占十几年，人民死伤三十亿以上，天界干什么去了？这种猜疑到了GDI成立前夕，人间遭到天界数次渗透破坏后到达了顶点。天界在特务工作上下了苦工，岂图寻找人间的突破口，派到人间的特务在等级上、素质上讲都非一流，但造成的破坏仍是令人吃惊，许多不可思议的怪事发生后，被统称为“天灾”司徒王穷尽最后精力于防御天界工作上，并在去世前留下遗言：“天灾不除，吾不得安。”

到了三〇一三年，地球联合军的定位已经变得越来越模糊。作为一个没有明显敌对势力的武装力量，它的存在合理性遭到广泛质疑。因天界诸侯国的不间断渗透，使得地球联合军究竟应该作为一个军事组织或警察机构存在的争论更加复杂化。同时，军队控制全部权利引起了商人和社会力量的不满，他们鼓吹着建立政府和议会，把大部分权力移交到政府手中。

在混乱的争吵声中，天界的入侵突然加强，造成了大规模的损失和恐慌。这时，退居幕后已久的司徒王再次出山，主持了地球联合军的拆分重组。地球联合军放弃政治权力，成立新组织地球防御系统，简称GDI。GDI全球联合会的总部设在瑞士，在各大城市有分部负责管辖各自的辖区。GDI完全是在地球联合军的基础上建成的，交出一部分政治权力后，开始转向重点部署针对天界入侵的全球防御。